Die Vazheozerskaya Abtei wurde von den Schülern des heiligen Alexander Swirsky, den heiligen Gennadij und Nikifor, gegründet. Der Alte Gennadij ließ sich um 1500 am Ufer des Vazhe-Sees in einer kleinen Höhle nieder. Seine Nahrung waren Kräuter, und sein Lager war der Boden. Für seine Heldentaten erhielt er große Gaben Gottes, Wunder und Heilungen noch zu seinen Lebzeiten. Der heilige Gennadij starb um 1516, ohne das Kloster gegründet zu haben, aber er heilte diesen Ort mit seinen Taten und bereitete ihn für das Kommen eines anderen Schülers des heiligen Alexander Swirsky, des heiligen Nikifor, vor.

Im Jahr 1520 baute der heilige Nikifor zusammen mit den Mönchen des Swirsky-Klosters am Ufer des Vazhe-Sees eine hölzerne Transfiguration-Kirche und mehrere Zellen und schuf so das Vazheozerski Spaso-Transfiguration Kloster. Der heilige Nikifor wurde sein erster Abt und blieb es bis zu seinem Tod am 9. Februar 1557.

Durch ein Privileg des Zaren Iwan Wassiljewitsch Grozny erhielt das Kloster Ländereien „in alle vier Himmelsrichtungen bis zu einer Werst, abgesehen von Mooren und Sümpfen und Steinen“. Die Mönche mussten das Land selbst bearbeiten, ohne Arbeiter einzustellen und ohne Dörfer und Bauern zu besitzen.

Nach dem Tod des heiligen Nikifor wurde der Abt Dorotheus zum neuen Leiter, der eine Kapelle über den Gräbern der Gründer errichtete. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts, während der Wirrenzeit, wurde das Kloster von Schweden geplündert, die das Eigentum zerstörten und einen Teil der Brüder, einschließlich des Abtes Dorotheus, töteten. Die Gräber der Märtyrer wurden zu einem Wallfahrtsort, aber die Abtei konnte sich lange Zeit nicht erholen.

Im Jahr 1640 wurde der Abt Antonij zum neuen Leiter, der dem Kloster ein wertvolles Evangelium stiftete und eine Zelle baute. Dennoch blieb der Zustand der Abtei arm. Im Jahr 1680 wurde der Alte Savvatij zum Baumeister, und zu diesem Zeitpunkt hatte sich das Eigentum des Klosters erheblich verbessert, und die Zahl der Mönche und Arbeiter stieg auf 22 Personen.

In den Jahren 1701 und 1764 führte die Regierung des Russischen Reiches eine Säkularisation des kirchlichen Eigentums durch, und die Nikifor-Klause wurde dem Syandem-Kloster zugeordnet und dann geschlossen und in eine Pfarrkirche umgewandelt. Im Jahr 1800 wurde die Abtei erneut dem Alexander-Swirsky-Kloster zugeordnet.

Im Jahr 1846 erhielt die Klause dank der Bemühungen des Alten Isaak erneut die Selbstständigkeit. Doch im Jahr 1885 litt das Kloster unter einem Brand, der alle Gebäude bis auf einige zerstörte. Die Wiederherstellung begann dank der Bemühungen des Abtes Veniamin und der Unterstützung des heiligen Gerechten Johannes von Kronstadt.

Nach der Revolution von 1917 wurde das Klosterleben unterbrochen, und auf seinem Land wurde eine Mönchsgemeinschaft organisiert, gefolgt von einem Staatsbetrieb und einer Kinderkolonie. In den Jahren 1922 und 1923 wurden die Mönche erschossen, und das Kloster wurde zerstört. Die Wiederbelebung der Abtei begann im Jahr 1991, als ihr der rechtliche Status zurückgegeben wurde. Das Kloster wurde als Frauenkloster wiederbelebt und dann in ein Männerkloster umgewandelt. Im Jahr 2000 wurden die Reliquien des seligen Mönchs Wladimir und Teile der Reliquien des heiligen Fürsten Alexander Newski in das Kloster übertragen.