La communauté de Važeozero a été fondée par les disciples du vénérable Alexandre de Svir, les vénérables Gennady et Nikifor. Le vieillard Gennady s'est installé le premier sur les rives du lac Važe vers 1500 dans une petite grotte. Sa nourriture était des herbes, et son lit, la terre. Pour ses exploits, il a reçu de grands Dons de Dieu, des miracles et des guérisons encore de son vivant. Le vénérable Gennady est décédé vers 1516, n'ayant pas eu le temps de fonder le monastère, mais ayant sanctifié cet endroit par ses exploits et l'ayant préparé pour l'arrivée d'un autre disciple du saint Alexandre de Svir, le vénérable Nikifor.

En 1520, le vénérable Nikifor, avec les moines du monastère de Svir, a construit sur les rives du lac Važeozero une église en bois de la Transfiguration et plusieurs cellules, créant ainsi le monastère masculin de Važeozersky Spaso-Preobrazhensky. Le vénérable Nikifor en est devenu le premier higoumène et y est resté jusqu'à sa mort le 9 février 1557.

Par un décret du tsar Ivan Vassilievitch le Terrible, le monastère a reçu des terres « dans toutes les quatre directions sur une verst, à l'exception des tourbières et des marais ». Les moines devaient cultiver la terre eux-mêmes, sans embaucher de travailleurs et sans posséder de villages ni de paysans.

Après la mort du vénérable Nikifor, l'higoumène Dorofey est devenu le supérieur, qui a érigé une chapelle au-dessus des tombes des fondateurs. Au début du XVIIe siècle, pendant la période des troubles, le monastère a été pillé par les Suédois, qui ont détruit les biens et tué une partie de la communauté, y compris l'higoumène Dorofey. Les tombes des martyrs sont devenues un lieu de pèlerinage, mais la communauté a longtemps eu du mal à se rétablir.

En 1640, l'higoumène Antoniy est devenu le supérieur, qui a fait don au monastère d'un précieux Évangile et a construit une cellule. Cependant, l'état de la communauté est resté pauvre. En 1680, le constructeur est devenu le vieillard Savvaty, et à cette époque, les biens du monastère s'étaient considérablement améliorés, et le nombre de moines et de travailleurs avait augmenté à 22 personnes.

En 1701 et 1764, le gouvernement de l'Empire russe a procédé à la sécularisation des biens ecclésiastiques, et la désert de Nikifor a été rattachée à la désert de Siandem, puis fermée et transformée en église paroissiale. En 1800, la communauté a de nouveau été rattachée au monastère Alexandre de Svir.

En 1846, la désert a retrouvé son autonomie grâce aux efforts du vieillard Isaïe. Cependant, en 1885, le monastère a souffert d'un incendie qui a détruit tous les bâtiments, à l'exception de quelques-uns. La restauration a commencé grâce aux efforts du supérieur père Veniamin et au soutien de saint juste Jean de Kronstadt.

Après la révolution de 1917, la vie monastique a été interrompue, et sur ses terres, une commune monastique a été organisée, puis un sovkhoze et une colonie d'enfants. En 1922 et 1923, les moines ont été fusillés, et le monastère a été détruit. La renaissance de la communauté a commencé en 1991, lorsque son statut juridique a été rétabli. Le monastère a été restauré en tant que monastère féminin, puis transformé en monastère masculin. En 2000, les reliques du bienheureux moine Vladimir et des fragments des reliques du saint prince Alexandre Nevski ont été transférées au monastère.