Александр Васильевич Вадковский родился 3 августа 1846 года в селе Царёвка Кирсановского уезда Тамбовской губернии в семье священника Василия Иовлевича Вадковского. Его мать звали Ольга Никифоровна.

В 1848 и 1858 годах семья проживала в селе Матчерка Моршанского уезда, где отец служил священником. Однажды их приход посетил епископ Феофан, который обратил внимание на Александра и благословил его.

Александр учился в Тамбовском духовном училище и семинарии, которую окончил в 1866 году. В 1870 году он завершил обучение в Казанской духовной академии, получив степень кандидата богословия за работу об отношении арианства к неоплатонизму. Он специализировался на кафедре гомилетики и теории словесности, где преподавал профессор И. Я. Порфирьев. 14 апреля 1871 года Александр получил степень магистра богословия за диссертацию о древнеболгарской церковной проповеди и был оставлен в академии в качестве доцента. С 1875 года он участвовал в комиссии по описанию рукописей и старопечатных книг библиотеки Соловецкого монастыря. Он регулярно публиковал статьи в «Православном собеседнике» и в 1874 году стал его редактором.

В 1872 году Александр женился на Елизавете Пеньковской, которая страдала от туберкулёза. У них родилось двое детей, Борис и Лидия, но в 1879 году он овдовел, а в 1882 году дети умерли от дифтерита.

4 марта 1883 года архиепископ Палладий Раев постриг его в монашество с именем Антоний. 6 марта он был рукоположён во иеромонаха, а 14 ноября стал архимандритом и управляющим Казанским Иоанно-Предтеченским монастырём. В 1884 году его назначили инспектором Казанской духовной академии.

В 1885 году, благодаря поддержке К. П. Победоносцева, он был переведён в Санкт-Петербургскую духовную академию. 15 апреля 1887 года архимандрит Антоний стал ректором академии, а 3 мая 1887 года был хиротонисан во епископа Выборгского. Во время его ректорства студенты активно участвовали в просветительской деятельности среди рабочих окраин столицы. Он совмещал церковно-административную работу с научной деятельностью, публиковал статьи и в 1892 году издал книгу «Из истории христианской проповеди». 24 октября 1892 года его возвели в сан архиепископа и назначили на Выборгско-Финляндскую кафедру. 4 мая 1893 года Казанская духовная академия присудила ему степень доктора богословия, а в 1895 году он был утверждён в этой степени Святейшим синодом.

В 1893 и 1898 годах он возглавлял Синодальную комиссию по старокатолическому вопросу. Архиепископ Антоний стал первым русским иерархом, посетившим Англию, где представлял Святейший Синод на юбилее Королевы Виктории, успешно выполнив миссию по укреплению связей с Англиканской церковью.

При его управлении были построены новые храмы, увеличилось число приходов, основан Линтульский женский монастырь и активизировалось миссионерское Братство Сергия и Германа Валаамских. С 1898 года издавался журнал на финском языке и началась работа по переводу богослужебных книг.

25 декабря 1898 года его возвели в сан митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского, он стал членом Святейшего Синода. 9 июня 1900 года, после смерти митрополита Киевского, он стал первенствующим членом Синода.

16 января 1906 года по указу Николая II он возглавил Предсоборное Присутствие, завершившее работу 15 декабря того же года. 22 апреля 1906 года его избрали членом Государственного совета, но 27 июня он был освобождён по собственному желанию.

С мая 1910 года из-за болезни он не совершал богослужений. Александр Васильевич Вадковский скончался 2 ноября 1912 года. Его тело было перенесено в Крестовую церковь Александро-Невской лавры, а затем в Троицкий собор. На отпевании 5 ноября присутствовали 21 архиерей и официальные лица, но императорская семья отсутствовала. Похоронен он на Никольском кладбище Лавры.