Alexander Wasiljewitsch Wadkowski wurde am 3. August 1846 im Dorf Zarjowka im Kirsanowskij Ujesd der Provinz Tambow in der Familie des Priesters Wasilij Iowlewitsch Wadkowski geboren. Seine Mutter hieß Olga Nikiforowna.

In den Jahren 1848 und 1858 lebte die Familie im Dorf Mattschjerka im Moršanskij Ujesd, wo der Vater als Priester diente. Eines Tages besuchte der Bischof Theophan ihre Gemeinde, der auf Alexander aufmerksam wurde und ihn segnete.

Alexander studierte am Tambower Theologischen Seminar und an der Theologischen Akademie, die er 1866 abschloss. 1870 beendete er seine Ausbildung an der Kazaner Theologischen Akademie und erhielt den Grad eines Kandidaten der Theologie für seine Arbeit über das Verhältnis des Arianismus zum Neoplatonismus. Er spezialisierte sich auf den Lehrstuhl für Homiletik und Theorie der Rhetorik, wo Professor I. J. Porfirjew lehrte. Am 14. April 1871 erhielt Alexander den Grad eines Magisters der Theologie für seine Dissertation über die altbulgarische kirchliche Predigt und wurde als Dozent an der Akademie belassen. Ab 1875 nahm er an der Kommission zur Beschreibung von Manuskripten und alten Druckwerken der Bibliothek des Solowezki-Klosters teil. Er veröffentlichte regelmäßig Artikel im „Orthodoxen Gespräch“ und wurde 1874 dessen Herausgeber.

1872 heiratete Alexander Elisaweta Penkowskaja, die an Tuberkulose litt. Sie bekamen zwei Kinder, Boris und Lidia, aber 1879 wurde er Witwer, und 1882 starben die Kinder an Diphtherie.

Am 4. März 1883 wurde er von Erzbischof Palladij Raew zum Mönch mit dem Namen Antonij tonsuriert. Am 6. März wurde er zum Hieromönch geweiht, und am 14. November wurde er zum Archimandriten und Verwalter des Kazaner Johannes-der-Täufer-Klosters ernannt. 1884 wurde er zum Inspektor der Kazaner Theologischen Akademie ernannt.

1885 wurde er dank der Unterstützung von K. P. Pobiedonoszew in die Sankt Petersburger Theologische Akademie versetzt. Am 15. April 1887 wurde Archimandrit Antonij Rektor der Akademie, und am 3. Mai 1887 wurde er zum Bischof von Wyborg geweiht. Während seiner Rektoratszeit beteiligten sich die Studenten aktiv an der Aufklärungsarbeit unter den Arbeitern der Vororte der Hauptstadt. Er verband kirchlich-administrative Arbeit mit wissenschaftlicher Tätigkeit, veröffentlichte Artikel und veröffentlichte 1892 das Buch „Aus der Geschichte der christlichen Predigt“. Am 24. Oktober 1892 wurde er zum Erzbischof erhoben und auf den Wyborg-Finnischen Bischofssitz berufen. Am 4. Mai 1893 verlieh die Kazaner Theologische Akademie ihm den Grad eines Doktors der Theologie, und 1895 wurde er in diesem Grad vom Heiligen Synod bestätigt.

In den Jahren 1893 und 1898 leitete er die Synodale Kommission zur altkatholischen Frage. Erzbischof Antonij wurde der erste russische Hierarch, der England besuchte, wo er den Heiligen Synod beim Jubiläum von Königin Victoria vertrat und erfolgreich die Mission zur Stärkung der Beziehungen zur Anglikanischen Kirche erfüllte.

Unter seiner Leitung wurden neue Kirchen gebaut, die Anzahl der Gemeinden nahm zu, das Lintuliner Frauenkloster wurde gegründet, und die missionarische Bruderschaft der Sergius und Hermann von Walaam wurde aktiv. Ab 1898 wurde eine Zeitschrift in finnischer Sprache herausgegeben, und die Arbeit an der Übersetzung der liturgischen Bücher begann.

Am 25. Dezember 1898 wurde er zum Metropoliten von Sankt Petersburg und Ladoga erhoben und wurde Mitglied des Heiligen Synods. Am 9. Juni 1900, nach dem Tod des Metropoliten von Kiew, wurde er das erste Mitglied des Synods.

Am 16. Januar 1906 leitete er auf Anordnung von Nikolaus II. die Vorversammlungen, die ihre Arbeit am 15. Dezember desselben Jahres abschlossen. Am 22. April 1906 wurde er zum Mitglied des Staatsrates gewählt, aber am 27. Juni wurde er auf eigenen Wunsch entlassen.

Seit Mai 1910 hielt er aufgrund von Krankheit keine Gottesdienste mehr ab. Alexander Wasiljewitsch Wadkowski starb am 2. November 1912. Sein Körper wurde in die Kreuzkirche der Alexander-Newski-Lawra überführt und dann in die Dreifaltigkeitskathedrale. Bei der Beerdigung am 5. November waren 21 Bischöfe und Offizielle anwesend, aber die kaiserliche Familie fehlte. Er wurde auf dem Nikolai-Friedhof der Lawra beigesetzt.