В середине XVIII века владение перешло от князей Сонцовых-Засекиных к древнему дворянскому роду Кожиных, известному с XIV века. В 1760-х годах новые владельцы начали перестройку, в ходе которой на основе старых палат был построен новый главный дом, завершённый к 1812 году. Тогда же появились симметричные двухэтажные флигели с переходами к торцам главного дома, формируя парадный двор.

Во время французской оккупации Москвы эта территория стала местом казни горожан, которых наполеоновская администрация подозревала в поджогах. Исследователи считают, что первый публичный расстрел 18 московских поджигателей произошёл именно здесь, в боковой части владения, почти у апсид соседней церкви святых Космы и Дамиана в Шубине.

Позднее, в 1873 году, флигели были надстроены и расширены, но облик главного дома почти не изменился. К тому времени Кожины уже не жили здесь. В главном доме находилась гостиница «Германия», где в конце 1830-х годов под полицейским надзором проживал декабрист И.А. Фонвизин. В 1870-х годах в усадьбе размещалась литография художника Маковского. Десять лет спустя здесь находились редакция «Шахматного журнала», магазин «Крымский базар», торговавший морепродуктами и деликатесами, а также магазин «Русь», где продавались вышитые полотенца, кружева и товары народного промысла. В доме жил архитектор К.А. Дулин, который до революции занимался строительством доходных домов, а после проектировал лечебницу в Соловецком лагере и сооружения для нефтепровода Грозный-Туапсе.