С XV века усадьбой владели бояре Белкины. Основателем села и родоначальником дворянского рода Белкиных считается Иван Фёдорович Белка Отяев. По одной версии, эти земли были пожалованы ему Иваном III, по другой, его отец, Фёдор Дутка, получил их от князя Михаила Андреевича Верейского. В то время Малоярославец входил в состав Верейского удела.

В конце XVI века усадьба Белкино перешла к Годуновым. В 1611 году её приобрели Долгорукие, а в 1741 году, Воронцовы.

В 1770-80-х годах граф Иван Илларионович Воронцов, увлечённый строительством, возвёл каменный дом, церковь и разбил липовый парк. Имя архитектора неизвестно, но искусствоведы предполагают, что в проектировании храма участвовал известный московский зодчий Карл Иванович Бланк, которого граф Воронцов часто привлекал к строительству в своих имениях. При Иване Илларионовиче усадьба обрела каменные здания, дом и церковь, а также парк с каскадами прудов, признанный шедевром ландшафтного искусства конца XVIII века.

Главный дом, построенный графом Воронцовым, считается выдающимся памятником раннего классицизма. Трёхэтажный особняк из большемерного кирпича отличается монолитным, почти кубическим объёмом, без колонн и пилястр.

В 1793 году Белкино, в качестве приданого, перешло к Анне, дочери А. И. Воронцова и внучке Ивана Илларионовича, которая вышла замуж за Дмитрия Петровича Бутурлина. После 1817 года Бутурлины уехали в Италию, и последними владельцами поместья стали дворяне Обнинские. В честь этой фамилии назван город Обнинск, где расположена усадьба Белкино.

После национализации в 1918 году усадьба перешла под управление местных советских властей. К концу XX века памятник екатерининской эпохи оказался на грани разрушения. От особняка остались руины, флигеля и здание «Риги» развалились. Из четырёх каскадных прудов сохранился только второй, но он был покрыт тиной. Высохшее ложе Большого пруда превратилось в свалку для старых автомобилей. В настоящее время местные жители активно пытаются восстановить усадьбу Белкино. Борисоглебский храм уже полностью отреставрирован.