В 1766 году по распоряжению Екатерины II в монастыре была открыта тюрьма для «безумствующих колодников», которая закрылась в 1905 году из-за революционных событий. Большинство заключённых составляли те, кто нарушал церковные каноны и считался Синодом сектантами.

В 1826 году по указу в монастырь был заключён предсказатель Авель, который умер 29 ноября 1841 года и был похоронен за алтарём Никольской церкви монастыря.

С 1820 по 1832 годы в тюрьме находился лидер секты скопцов Кондратий Селиванов, который умер там же. В 1829 году здесь скончался декабрист Фёдор Шаховской. С 1869 года в тюрьме отбывал наказание лидер секты прыгунов Максим Рудомёткин, провозгласивший себя воплощением Святого Духа в 1857 году. В монастырской тюрьме он написал 14 пророческих книг, вошедших в священное писание прыгунов «Книга солнца», и умер в 1877 году. В XIX веке в «Суздальской крепости» содержались старообрядческие священнослужители. Некоторые, как Алимпий, умерли в одиночных камерах, не дождавшись освобождения, другие, такие как Аркадий, который провёл в одиночной камере 25 лет, Конон и Геннадий, были освобождены в 1881 году, чему способствовал Лев Толстой. С 1898 по 1904 годы в тюрьме находился старообрядец Фёдор Ковалёв, который похоронил заживо 25 человек из-за переписи населения 1897 года. С 1894 по 1902 годы в тюрьме содержался архангельский благотворитель Василий Рахов. С 1898 по 1901 годы здесь находился православный священник Алексей Зерчанинов, перешедший в католицизм. В 1900 году основатель движения чуриковцев Иван Чуриков провёл в монастырской тюрьме четыре месяца.