Im Jahr 1766 wurde auf Anordnung von Katharina II. im Kloster ein Gefängnis für "wahnsinnige Gefangene" eröffnet, das 1905 aufgrund revolutionärer Ereignisse geschlossen wurde. Die meisten Insassen waren diejenigen, die gegen die kirchlichen Kanones verstießen und vom Synod als Sektenanhänger betrachtet wurden.

1826 wurde auf Befehl ein Wahrsager namens Abel ins Kloster eingewiesen, der am 29. November 1841 starb und hinter dem Altar der Nikolauskirche des Klosters beigesetzt wurde.

Von 1820 bis 1832 befand sich der Anführer der Skopzen-Sekte, Kondratij Selivanov, im Gefängnis, der dort ebenfalls starb. 1829 starb hier der Dekabrist Fjodor Schachowskoi. Ab 1869 verbüßte der Anführer der Springersekte, Maxim Rudometkin, seine Strafe im Gefängnis, der sich 1857 als Inkarnation des Heiligen Geistes ausrief. Im Klostergefängnis schrieb er 14 prophetische Bücher, die in die heilige Schrift der Springer, das "Buch der Sonne", aufgenommen wurden, und starb 1877. Im 19. Jahrhundert wurden in der "Suzdaler Festung" altgläubige Geistliche festgehalten. Einige, wie Alimpij, starben in Einzelzellen, ohne auf ihre Freilassung zu warten, andere, wie Arkadij, der 25 Jahre in einer Einzelzelle verbrachte, Konon und Gennadij, wurden 1881 freigelassen, was von Lew Tolstoi unterstützt wurde. Von 1898 bis 1904 befand sich der Altgläubige Fjodor Kowaljow im Gefängnis, der 25 Menschen lebendig begrub aufgrund der Volkszählung von 1897. Von 1894 bis 1902 war der Wohltäter Wassilij Rachow aus Archangelsk im Gefängnis. Von 1898 bis 1901 befand sich hier der orthodoxe Priester Alexej Zertschaninow, der zum Katholizismus übertrat. Im Jahr 1900 verbrachte der Gründer der Churikow-Bewegung, Ivan Churikow, vier Monate im Klostergefängnis.