Более шести веков назад, в 1350-х годах, преподобный Стефан, выходец из Киево-Печерского монастыря, основал святую обитель. Из-за притеснений униатов, распространившихся в Киевском княжестве после его завоевания великим литовским князем Гедимином, Стефан был вынужден покинуть родные края и отправиться в Москву. Там его радушно принял великий князь Иоанн II Иоаннович Кроткий, предложивший ему поселиться в любом московском монастыре. Однако Стефан искал уединения и выбрал тихое место в северной части Московского княжества, в лесном урочище на реке Махрище, в 35 километрах от обители Сергия Радонежского. Великий князь предоставил ему грамоту на пользование этой землей и пожертвования на строительство монастыря. Слух о благочестии Стефана быстро распространился, и к нему стали стекаться желающие посвятить себя монашеской жизни. Вскоре возникла необходимость построить первый храм, трапезную, кельи и ограду. Все это было успешно возведено, и Стефан отправился в Москву за благословением митрополита Алексия на освящение церкви в честь Святой Живоначальной Троицы. Алексий посвятил его в сан пресвитера и назначил игуменом монастыря. В Махрищском монастыре, как и в обители Сергия, был введен общежительный устав.

После Смутного времени возрождение Стефано-Махрищского монастыря связано с митрополитом Платоном, выдающимся богословом и проповедником, который много сделал для преобразования духовных школ и Московской Духовной Академии. Платон полюбил монастырь и проводил там летние недели. Благодаря его заботам была построена каменная ограда, церкви Преподобного Сергия Радонежского и Первоверховных апостолов Петра и Павла, братские корпуса, а также перестроена древняя Троицкая церковь. В XIX веке монастырь продолжал развиваться: строились новые здания, к Троицкой церкви пристроили трехъярусную колокольню, возводились конный и скотные дворы, оранжерея. В 1900 году иеромонах Алипий организовал в монастыре детский приют для сирот и бедных детей, а также церковно-приходскую школу. Монастырь обладал большой библиотекой, пополнявшейся периодическими изданиями.

Однако вся эта красота вскоре подверглась испытаниям. В 1922 году монастырь закрыли, а его здания передали различным организациям. В 1942 году были разобраны Стефановская и Троицкая церкви, а их щебень использовали для строительства аэродрома. Монастырь постепенно разрушался и ветшал. В 1993 году епископ Владимирский и Суздальский Евлогий установил памятный крест в честь 600-летия со дня смерти Сергия Радонежского. В разрушенном корпусе поселились первые насельницы во главе с монахиней Елисаветой, ставшей настоятельницей. Махрищский монастырь стал скитом Александровского Успенского женского монастыря, а в 1995 году обрел самостоятельность. Преодолев множество трудностей, обитель возродилась, и начались богослужения в храме Святых апостолов Петра и Павла. Божие благословение проявилось в мироточении иконы преподобного Серафима Саровского.