В 1989 году в поселке Варницы была зарегистрирована церковная община, состоящая из 111 жителей. Приходские храмы Воскресения Словущего и святых Паисия и Уара, расположенные рядом с Варницким монастырем, были переданы церкви и отремонтированы насельниками Троице-Сергиевой Лавры.

В 1992 году, в честь 600-летия со дня преставления преподобного Сергия Радонежского, на месте разрушенного Троицкого собора установили деревянную часовню, а над древним святым колодцем соорудили сень.

В 1995 году по указу Святейшего Патриарха Алексия II и по просьбе архиепископа Ярославского и Ростовского Михея Варницкая обитель перешла под покровительство Троице-Сергиевой Лавры, и начались работы по восстановлению. Церкви вернули часть монастырских помещений.

В 2000 году началось строительство нового Троицкого собора, который должен был напоминать снесенный.

В 2001 году завершили реставрацию Введенского храма, а также восстановили ограду с надвратной церковью и служебные и жилые здания.

К июлю 2003 года в обители были возведены Троицкий собор с четырехъярусной колокольней, двухэтажное здание трапезной и три стены с башнями.

В 2002 году в Варницкой слободе открылась православная гимназия имени Преподобного Сергия. В 2005 году в самом монастыре появилось отделение гимназии с пансионным проживанием для учеников X-XI классов.

29 июля 2003 года была заложена надвратная церковь.

В 2014 году Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Кирилл освятил собор преподобного Сергия Радонежского, который стал главным храмом обители.