En 1989, se registró una comunidad eclesiástica en el asentamiento de Varnița, compuesta por 111 habitantes. Las iglesias parroquiales de la Resurrección de la Palabra y de los santos Paisio y Uar, ubicadas cerca del monasterio de Varnița, fueron entregadas a la iglesia y reparadas por los residentes del Monasterio de la Trinidad de Serguéi.

En 1992, en honor al 600 aniversario de la muerte del venerable Sergio de Radonezh, se instaló una capilla de madera en el lugar de la destruida catedral de la Trinidad, y se construyó un dosel sobre el antiguo pozo sagrado.

En 1995, por orden de Su Santidad el Patriarca Alejo II y a petición del arzobispo de Yaroslavl y Rostov, Mijaíl, el monasterio de Varnița pasó a estar bajo el patrocinio del Monasterio de la Trinidad de Serguéi, y comenzaron los trabajos de restauración. Las iglesias recuperaron parte de las instalaciones del monasterio.

En 2000, comenzó la construcción de una nueva catedral de la Trinidad, que debía recordar a la demolida.

En 2001, se completó la restauración de la iglesia de la Introducción, así como la restauración de la cerca con la iglesia de la puerta y los edificios de servicio y residenciales.

Para julio de 2003, se habían erigido en el monasterio la catedral de la Trinidad con un campanario de cuatro niveles, un edificio de dos pisos para el refectorio y tres muros con torres.

En 2002, se abrió en el asentamiento de Varnița un gimnasio ortodoxo en honor al venerable Sergio. En 2005, en el mismo monasterio, se estableció una sección del gimnasio con alojamiento para estudiantes de los grados X y XI.

El 29 de julio de 2003 se colocó la iglesia de la puerta.

En 2014, Su Santidad el Patriarca de Moscú y de toda Rusia, Cirilo, consagró la catedral del venerable Sergio de Radonezh, que se convirtió en el templo principal del monasterio.