En 1989, une communauté ecclésiastique a été enregistrée dans le village de Varnitsy, composée de 111 habitants. Les églises paroissiales de la Résurrection de la Parole et des saints Païssy et Uar, situées près du monastère de Varnitsy, ont été transférées à l'église et rénovées par les habitants de la Laure de la Trinité-Saint-Serge.

En 1992, à l'occasion du 600e anniversaire de la mort du vénérable Serge de Radonège, une chapelle en bois a été érigée à l'emplacement de la cathédrale de la Trinité détruite, et un abri a été construit au-dessus de l'ancien puits sacré.

En 1995, par ordre de Sa Sainteté le Patriarche Alexis II et à la demande de l'archevêque de Yaroslavl et de Rostov, Mikhaïl, le monastère de Varnitsy est passé sous le patronage de la Laure de la Trinité-Saint-Serge, et les travaux de restauration ont commencé. Les églises ont récupéré une partie des locaux monastiques.

En 2000, la construction d'une nouvelle cathédrale de la Trinité a commencé, qui devait rappeler celle qui avait été démolie.

En 2001, la restauration de l'église de l'Entrée au Temple a été achevée, ainsi que la restauration de la clôture avec l'église de la porte et des bâtiments de service et résidentiels.

En juillet 2003, le monastère avait érigé la cathédrale de la Trinité avec un clocher à quatre niveaux, un bâtiment de réfectoire à deux étages et trois murs avec des tours.

En 2002, une école orthodoxe nommée d'après le vénérable Serge a ouvert à Varnitsy. En 2005, une section de l'école avec hébergement pour les élèves de la 10e et 11e classes a été créée dans le monastère.

Le 29 juillet 2003, l'église de la porte a été posée.

En 2014, Sa Sainteté le Patriarche de Moscou et de toute la Russie Kirill a consacré la cathédrale du vénérable Serge de Radonège, qui est devenue le principal temple du monastère.