Im Jahr 1989 wurde in der Siedlung Warnitzen eine Kirchgemeinde mit 111 Einwohnern registriert. Die Pfarrkirchen der Auferstehung des Wortes und der Heiligen Paisius und Uar, die sich in der Nähe des Warnitzer Klosters befinden, wurden der Kirche übergeben und von den Bewohnern des Troitze-Sergiew-Klosters renoviert.

Im Jahr 1992, anlässlich des 600. Jahrestages des Hinscheidens des heiligen Sergius von Radonesch, wurde anstelle der zerstörten Dreifaltigkeitskathedrale eine hölzerne Kapelle errichtet, und über dem alten heiligen Brunnen wurde ein Dach gebaut.

Im Jahr 1995, auf Anordnung des Heiligen Patriarchen Alexius II. und auf Bitte des Erzbischofs von Jaroslawl und Rostow, Michail, kam das Warnitzer Kloster unter den Schutz des Troitze-Sergiew-Klosters, und die Arbeiten zur Wiederherstellung begannen. Die Kirchen erhielten einen Teil der Klostergebäude zurück.

Im Jahr 2000 begann der Bau einer neuen Dreifaltigkeitskathedrale, die an die abgerissene erinnern sollte.

Im Jahr 2001 wurde die Restaurierung der Einführungskirche abgeschlossen, und auch die Umfriedung mit der Tor-Kirche sowie die Dienst- und Wohngebäude wurden wiederhergestellt.

Bis Juli 2003 wurden im Kloster die Dreifaltigkeitskathedrale mit einem vierstöckigen Glockenturm, ein zweigeschossiges Speisehaus und drei Mauern mit Türmen errichtet.

Im Jahr 2002 wurde in der Warnitzer Siedlung das orthodoxe Gymnasium zu Ehren des heiligen Sergius eröffnet. Im Jahr 2005 wurde im Kloster eine Abteilung des Gymnasiums mit Internatsunterbringung für Schüler der Klassen X-XI eingerichtet.

Am 29. Juli 2003 wurde die Tor-Kirche eingeweiht.

Im Jahr 2014 weihte der Heilige Patriarch von Moskau und ganz Russland, Kyrill, die Kathedrale des heiligen Sergius von Radonesch, die zur Hauptkirche des Klosters wurde.