Село было основано в период правления Иоанна IV Грозного на месте явления чудотворной иконы Святителя и Чудотворца Николая. Это событие произошло около 1550 года. По преданию, торговый караван бояр Строгановых, плывя по Каме, был чудесным образом остановлен на реке и смог продолжить путь только после того, как на берегу была найдена икона Святого Николая. Позже икона побывала в Москве у царя Иоанна, который украсил её серебряно-золотой ризой. Во время башкирских восстаний и пугачёвщины икону прятали и даже закапывали в землю.

Первый храм во имя Святителя Николая был построен П.С. Строгановым вскоре после обретения иконы. О втором храме сведений почти не сохранилось, известно лишь, что он также был Никольским и сгорел около 1613 года. Третий храм, Троицкий с Никольским приделом, был отмечен чугунным памятником на месте явления иконы, который существовал до 1934 года. В 1774 году пугачёвцы сожгли очередную церковь.

Современный кирпичный храм, построенный в 1806-1816 годах, считается четвёртым или пятым в селе. Его главная часть, выполненная в стиле позднего барокко с элементами классицизма, была завершена в 1808 году. Храм имеет мраморные и чугунные полы, а боковые престолы посвящены Святителю Николаю и великомученице Екатерине. Архитектурной доминантой является четырёхъярусная колокольня, построенная в 1902-1904 годах, выполненная в стиле кирпичного необарокко.

Чудотворную икону носили крестными ходами по селам Бирского, Уфимского и Сарапульского уездов. В 1910 и 1914 годах храм и монастырь посетила великая княгиня Елизавета Феодоровна Романова. С приходом советской власти храм был закрыт в 1934 году и разграблен, а икона исчезла. Здание использовалось как склад, кабак и пекарня. В 1970-х годах часть села была подготовлена к затоплению, но перестройка спасла храм и исторические здания.

В 1993 году был создан благотворительный фонд «Никольский храм», а в 1994 году, Николо-Берёзовский историко-культурный центр. Валерий Григорьевич Тетерев стал главным инициатором восстановления храма. За 10 лет реставрации были воссозданы многие элементы храма, а во втором ярусе колокольни открыт церковно-краеведческий музей. Работы по восстановлению продолжаются, включая отмену планов затопления и создание музея-заповедника.

С 1994 года в селе проходят празднества в честь Николы Вешнего и Дня славянской письменности и культуры. В храме проводятся торжественные службы, на площади устраиваются выставки, выступления артистов и театрализованные представления. Несколько лет проводился праздник колокольного звона с участием звонарей из разных епархий России.