Das Dorf wurde während der Herrschaft von Iwan IV. dem Schrecklichen an dem Ort gegründet, an dem das wunderbare Ikone des Heiligen Nikolaus erschien. Dieses Ereignis fand um das Jahr 1550 statt. Der Legende nach wurde ein Handelskarawane der Bojaren Stroganov, die auf der Kama fuhren, auf wunderbare Weise am Fluss gestoppt und konnte ihren Weg erst fortsetzen, nachdem am Ufer das Ikone des Heiligen Nikolaus gefunden wurde. Später war die Ikone in Moskau beim Zaren Iwan, der sie mit einer silbernen und goldenen Rüstung schmückte. Während der Baschkirischen Aufstände und der Pugatschow-Revolte wurde die Ikone versteckt und sogar in die Erde vergraben.

Die erste Kirche zu Ehren des Heiligen Nikolaus wurde von P.S. Stroganov kurz nach dem Auffinden der Ikone erbaut. Über die zweite Kirche sind kaum Informationen erhalten, bekannt ist nur, dass sie ebenfalls Nikolaus geweiht war und um 1613 brannte. Die dritte Kirche, die Dreifaltigkeitskirche mit einer Nikolauskapelle, wurde durch ein gusseisernes Denkmal an dem Ort der Erscheinung der Ikone gekennzeichnet, das bis 1934 existierte. Im Jahr 1774 brannten die Pugatschow-Leute eine weitere Kirche nieder.

Die moderne Ziegelkirche, die zwischen 1806 und 1816 erbaut wurde, gilt als die vierte oder fünfte im Dorf. Ihr Hauptteil, im Stil des späten Barock mit Elementen des Klassizismus, wurde 1808 fertiggestellt. Die Kirche hat Marmor- und Gusseisenböden, und die Seitenaltäre sind dem Heiligen Nikolaus und der heiligen Märtyrerin Katharina gewidmet. Das architektonische Dominante ist der vierstöckige Glockenturm, der zwischen 1902 und 1904 im Stil des Backstein-Neubarocks erbaut wurde.

Das wunderbare Ikone wurde in Prozessionen durch die Dörfer der Bezirke Birsk, Ufa und Sarapul getragen. In den Jahren 1910 und 1914 besuchte die Großfürstin Elisabeth Fjodorowna Romanova die Kirche und das Kloster. Mit dem Kommen der sowjetischen Macht wurde die Kirche 1934 geschlossen und geplündert, und die Ikone verschwand. Das Gebäude wurde als Lager, Wirtshaus und Bäckerei genutzt. In den 1970er Jahren wurde ein Teil des Dorfes auf die Flutung vorbereitet, aber die Umgestaltung rettete die Kirche und die historischen Gebäude.

Im Jahr 1993 wurde die Wohltätigkeitsstiftung „Nikolai-Kirche“ gegründet, und 1994 das Nikolo-Beryozovsk historische und kulturelle Zentrum. Walerij Grigorjewitsch Teterjew wurde der Hauptinitiator der Wiederherstellung der Kirche. In 10 Jahren Restaurierung wurden viele Elemente der Kirche rekonstruiert, und im zweiten Stock des Glockenturms wurde ein kirchlich-regionales Museum eröffnet. Die Arbeiten zur Wiederherstellung dauern an, einschließlich der Aufhebung der Flutungspläne und der Schaffung eines Museums-Reservats.

Seit 1994 finden im Dorf Feierlichkeiten zu Ehren von Nikolaus dem Wundertäter und dem Tag der slawischen Schrift und Kultur statt. In der Kirche werden feierliche Gottesdienste abgehalten, auf dem Platz werden Ausstellungen, Auftritte von Künstlern und theatralische Darstellungen organisiert. Mehrere Jahre lang fand ein Fest des Glockenläutens mit der Teilnahme von Glockenläutern aus verschiedenen Diözesen Russlands statt.