Le village a été fondé sous le règne d'Ivan IV le Terrible, à l'endroit où est apparue l'icône miraculeuse de Saint Nicolas. Cet événement a eu lieu vers 1550. Selon la légende, un convoi de marchands des boyards Stroganov, naviguant sur la Kama, a été miraculeusement arrêté sur la rivière et n'a pu continuer son chemin qu'après que l'icône de Saint Nicolas a été trouvée sur la rive. Plus tard, l'icône a été amenée à Moscou chez le tsar Ivan, qui l'a ornée d'une chasuble en argent et en or. Pendant les révoltes bachkirs et la révolte de Pougatchev, l'icône a été cachée et même enterrée.

La première église dédiée à Saint Nicolas a été construite par P.S. Stroganov peu après la découverte de l'icône. Peu d'informations subsistent sur la deuxième église, on sait seulement qu'elle était également dédiée à Nicolas et a brûlé vers 1613. La troisième église, la Trinité avec une chapelle de Nicolas, était marquée par un monument en fonte à l'endroit de l'apparition de l'icône, qui a existé jusqu'en 1934. En 1774, les partisans de Pougatchev ont incendié une autre église.

L'église moderne en briques, construite entre 1806 et 1816, est considérée comme la quatrième ou cinquième du village. Sa partie principale, réalisée dans le style baroque tardif avec des éléments de classicisme, a été achevée en 1808. L'église possède des sols en marbre et en fonte, et les autels latéraux sont dédiés à Saint Nicolas et à la grande martyre Catherine. La dominante architecturale est un clocher à quatre niveaux, construit entre 1902 et 1904, dans le style néo-baroque en briques.

L'icône miraculeuse a été portée en procession à travers les villages des districts de Birsk, d'Oufa et de Sarapoul. En 1910 et 1914, la grande duchesse Élisabeth Fiodorovna Romanova a visité l'église et le monastère. Avec l'arrivée du pouvoir soviétique, l'église a été fermée en 1934 et pillée, et l'icône a disparu. Le bâtiment a été utilisé comme entrepôt, taverne et boulangerie. Dans les années 1970, une partie du village a été préparée pour être inondée, mais la reconstruction a sauvé l'église et les bâtiments historiques.

En 1993, le fonds de bienfaisance « Église Nicolas » a été créé, et en 1994, le centre historique et culturel de Nikolo-Béryozovsk. Valery Grigorievich Teteriev est devenu le principal initiateur de la restauration de l'église. Au cours de 10 ans de restauration, de nombreux éléments de l'église ont été recréés, et un musée d'histoire locale a été ouvert au deuxième étage du clocher. Les travaux de restauration se poursuivent, y compris l'annulation des plans d'inondation et la création d'un musée-réserve.

Depuis 1994, des célébrations ont lieu dans le village en l'honneur de Nicolas le Merveilleux et de la Journée de l'écriture et de la culture slaves. Des services solennels sont célébrés dans l'église, des expositions, des performances d'artistes et des représentations théâtrales sont organisées sur la place. Pendant plusieurs années, une fête du carillon a été organisée avec la participation de sonneurs de différentes éparchies de Russie.