Монастырь был основан в 1533 году преподобным Трифоном Печенгским на месте слияния реки Мана, ныне известной как Нама-Йоки, с Печенгой. В 1548 году, после того как Трифон покинул монастырь, братия самостоятельно перенесла его ближе к устью Печенги, в более удобное для промысла и торговли место.

В декабре 1589 года монастырь подвергся нападению финского отряда, подданных шведского короля. Все находившиеся в монастыре были убиты, а обитель сожжена. После этого монастырь был переведён на территорию Кольского острога, к церкви Благовещенья Пресвятой Богородицы.

После пожара в 1619 году монастырь снова перенесли на новое место, за реку Кола, где была построена соборная церковь во имя святых апостолов Петра и Павла. Однако в 1765 году по указу императрицы Екатерины II монастырь был упразднён.

Лишь в 1886 году указом Святейшего Синода монастырь был возобновлён в устье Печенги, на месте гибели мучеников.

После Октябрьской революции, в конце 1920 года, монастырь был разорён. Во время советско-финской войны монашеская община эвакуировалась в Финляндию и вошла в состав Ново-Валаамского братства, а настоятель игумен Паисий Рябов был арестован советскими спецслужбами и 12 декабря 1940 года расстрелян. Последний из печенгских монахов, отец Акакий, скончался 30 января 1984 года в возрасте 110 лет.

В 1997 году Русская православная церковь объявила о возобновлении деятельности монастыря. Здесь хранятся мощи 116 мучеников, погибших при разорении в 1589 году. В Мурманске с 2008 года действует монастырское подворье.

В ноябре 2007 года власти Печенгского района Мурманской области приняли решение о передаче монастырю исторических земель в районе посёлка Луостари, где находилась могила преподобного Трифона Печенгского, а также были похоронены мученики Иона и Герман.

1 декабря 2007 года в монастыре произошёл пожар, полностью уничтоживший Главный храм. Было решено восстановить монастырь в его первоначальном виде начала XX века в посёлке Луостари, Печенгского района, Мурманской области.

К декабрю 2012 года был освящён храм в честь Живоначальной Троицы, и к этому времени практически все здания были заново отстроены.

Сейчас в обители проживает около 10 человек, из них 3 монашествующих.