Le monastère a été fondé en 1533 par le vénérable Trifon de Pechenga à l'endroit où la rivière Mana, aujourd'hui connue sous le nom de Nama-Yoki, se jette dans la Pechenga. En 1548, après que Trifon ait quitté le monastère, la communauté a décidé de le déplacer plus près de l'embouchure de la Pechenga, dans un endroit plus propice à la pêche et au commerce.

En décembre 1589, le monastère a été attaqué par une troupe finlandaise, sujets du roi suédois. Tous ceux qui se trouvaient dans le monastère ont été tués et le monastère a été incendié. Après cela, le monastère a été transféré sur le territoire de la forteresse de Kola, près de l'église de l'Annonciation de la Sainte Vierge.

Après l'incendie de 1619, le monastère a de nouveau été déplacé à un nouvel endroit, de l'autre côté de la rivière Kola, où une église cathédrale a été construite au nom des saints apôtres Pierre et Paul. Cependant, en 1765, par décret de l'impératrice Catherine II, le monastère a été supprimé.

Ce n'est qu'en 1886, par décret du Saint-Synode, que le monastère a été rétabli à l'embouchure de la Pechenga, sur le site du martyre des martyrs.

Après la Révolution d'Octobre, à la fin de 1920, le monastère a été saccagé. Pendant la guerre soviéto-finlandaise, la communauté monastique s'est évacuée en Finlande et a rejoint la fraternité de Novo-Valaam, tandis que le supérieur, l'igoumène Paisiy Ryabov, a été arrêté par les services spéciaux soviétiques et fusillé le 12 décembre 1940. Le dernier des moines de Pechenga, le père Akaki, est décédé le 30 janvier 1984 à l'âge de 110 ans.

En 1997, l'Église orthodoxe russe a annoncé la reprise des activités du monastère. Les reliques de 116 martyrs, morts lors du saccage en 1589, y sont conservées. À Mourmansk, un prieuré monastique est en activité depuis 2008.

En novembre 2007, les autorités du district de Pechenga dans la région de Mourmansk ont décidé de transférer au monastère des terres historiques dans la région du village de Louostari, où se trouvait la tombe du vénérable Trifon de Pechenga, ainsi que les martyrs Ion et Herman.

Le 1er décembre 2007, un incendie a ravagé le monastère, détruisant complètement le temple principal. Il a été décidé de restaurer le monastère dans son apparence originale du début du XXe siècle dans le village de Louostari, dans le district de Pechenga, région de Mourmansk.

En décembre 2012, le temple en l'honneur de la Sainte Trinité a été consacré, et à ce moment-là, presque tous les bâtiments avaient été reconstruits.

Actuellement, environ 10 personnes vivent dans le monastère, dont 3 moines.