El monasterio fue fundado en 1533 por el venerable Trifón de Pechenga en el lugar donde se une el río Mana, hoy conocido como Nama-Yoki, con el Pechenga. En 1548, después de que Trifón abandonara el monasterio, la comunidad lo trasladó por su cuenta más cerca de la desembocadura del Pechenga, a un lugar más conveniente para la pesca y el comercio.

En diciembre de 1589, el monasterio fue atacado por un destacamento finlandés, súbditos del rey sueco. Todos los que estaban en el monasterio fueron asesinados y la comunidad fue incendiada. Después de esto, el monasterio fue trasladado al territorio del fuerte de Kola, cerca de la iglesia de la Anunciación de la Santísima Virgen.

Después del incendio en 1619, el monasterio fue trasladado nuevamente a un nuevo lugar, al otro lado del río Kola, donde se construyó una iglesia catedral en honor a los santos apóstoles Pedro y Pablo. Sin embargo, en 1765, por orden de la emperatriz Catalina II, el monasterio fue disuelto.

Solo en 1886, por decreto del Santo Sínodo, el monasterio fue reabierto en la desembocadura del Pechenga, en el lugar de la muerte de los mártires.

Después de la Revolución de Octubre, a finales de 1920, el monasterio fue saqueado. Durante la guerra soviético-finlandesa, la comunidad monástica se evacuó a Finlandia y se unió a la hermandad de Novo-Valaam, mientras que el abad Paisio Riabov fue arrestado por los servicios secretos soviéticos y fusilado el 12 de diciembre de 1940. El último de los monjes de Pechenga, el padre Akakiy, falleció el 30 de enero de 1984 a la edad de 110 años.

En 1997, la Iglesia Ortodoxa Rusa anunció la reactivación del monasterio. Aquí se guardan las reliquias de 116 mártires que perecieron en el saqueo de 1589. En Murmansk, desde 2008, funciona una dependencia del monasterio.

En noviembre de 2007, las autoridades del distrito de Pechenga en la región de Murmansk decidieron transferir al monasterio tierras históricas en la zona del pueblo de Luostari, donde se encontraba la tumba del venerable Trifón de Pechenga, así como los mártires Ion y Germán.

El 1 de diciembre de 2007, se produjo un incendio en el monasterio que destruyó completamente el templo principal. Se decidió restaurar el monasterio en su forma original de principios del siglo XX en el pueblo de Luostari, en el distrito de Pechenga, región de Murmansk.

Para diciembre de 2012, se consagró la iglesia en honor a la Santísima Trinidad, y para ese momento prácticamente todos los edificios habían sido reconstruidos.

Actualmente, en la comunidad viven alrededor de 10 personas, de las cuales 3 son monjes.