Das Kloster wurde 1533 von dem heiligen Trifon von Pechenga an der Stelle gegründet, wo der Fluss Mana, heute bekannt als Nama-Yoki, in die Pechenga mündet. 1548, nachdem Trifon das Kloster verlassen hatte, verlegte die Brüderschaft es selbst näher zur Mündung der Pechenga, an einen für Fischerei und Handel günstigeren Ort.

Im Dezember 1589 wurde das Kloster von einem finnischen Trupp, Untertanen des schwedischen Königs, angegriffen. Alle, die sich im Kloster befanden, wurden getötet und die Abtei niedergebrannt. Danach wurde das Kloster auf das Gebiet der Kola-Festung verlegt, zur Kirche der Verkündigung der Heiligen Gottesmutter.

Nach dem Brand im Jahr 1619 wurde das Kloster erneut an einen neuen Ort, hinter den Fluss Kola, verlegt, wo eine Kathedrale zu Ehren der heiligen Apostel Petrus und Paulus erbaut wurde. Doch 1765 wurde das Kloster auf Befehl von Kaiserin Katharina II. aufgelöst.

Erst 1886 wurde das Kloster durch einen Erlass des Heiligen Synods am Mündungsbereich der Pechenga, an der Stelle des Martyriums, wiederhergestellt.

Nach der Oktoberrevolution, Ende 1920, wurde das Kloster verwüstet. Während des sowjetisch-finnischen Krieges evakuierte die Mönchsgemeinschaft nach Finnland und trat der Neuen-Walaam-Bruderschaft bei, während der Abt Igumen Paisij Rjabow von den sowjetischen Geheimdiensten verhaftet und am 12. Dezember 1940 erschossen wurde. Der letzte der Pechenga-Mönche, Vater Akakij, starb am 30. Januar 1984 im Alter von 110 Jahren.

1997 gab die Russische Orthodoxe Kirche die Wiederaufnahme der Klosteraktivitäten bekannt. Hier werden die Reliquien von 116 Märtyrern aufbewahrt, die bei der Zerstörung im Jahr 1589 ums Leben kamen. In Murmansk gibt es seit 2008 eine Klosterfiliale.

Im November 2007 beschlossen die Behörden des Pechenga-Bezirks in der Murmansker Region, dem Kloster historische Ländereien im Bereich des Dorfes Luostari zu übertragen, wo das Grab des heiligen Trifon von Pechenga lag und auch die Märtyrer Jona und Herman beigesetzt wurden.

Am 1. Dezember 2007 brach im Kloster ein Feuer aus, das die Hauptkirche vollständig zerstörte. Es wurde beschlossen, das Kloster in seiner ursprünglichen Form zu Beginn des 20. Jahrhunderts im Dorf Luostari, Pechenga-Bezirk, Murmansker Region, wiederherzustellen.

Bis Dezember 2012 wurde die Kirche zu Ehren der Lebensspendenden Dreifaltigkeit geweiht, und bis zu diesem Zeitpunkt waren fast alle Gebäude neu errichtet worden.

Derzeit leben etwa 10 Personen in der Abtei, darunter 3 Mönche.