Гимназия была основана в 1838 году с целью обеспечения единого и непрерывного образовательного процесса за Уралом. Она предназначалась для подготовки государственных служащих и школьных учителей. Учебная программа включала Закон Божий, русский язык, древние языки, латинский и, до 1901 года, греческий, а также историю, математику, физику, географию, космографию, логику, французский и немецкий языки, законоведение, которое преподавал член Томского окружного суда, и философскую пропедевтику, предмет, который сегодня кажется нам не совсем понятным. Гимназическая библиотека насчитывала до 15 000 томов и была одной из лучших в городе. При гимназии действовала собственная церковь.

После Революции 1917 года и Гражданской войны в 1920 году было решено преобразовать гимназию в Томское артиллерийское училище. В 1965 году оно стало Томским высшим военным командным училищем связи.

В настоящее время в здании располагается ООО «Газпром трансгаз Томск».