Le gymnase a été fondé en 1838 dans le but d'assurer un processus éducatif unique et continu au-delà de l'Oural. Il était destiné à former des fonctionnaires et des enseignants. Le programme d'études comprenait la Loi de Dieu, la langue russe, les langues anciennes, le latin et, jusqu'en 1901, le grec, ainsi que l'histoire, les mathématiques, la physique, la géographie, la cosmographie, la logique, les langues française et allemande, le droit, enseigné par un membre du tribunal de district de Tomsk, et la propédeutique philosophique, une matière qui nous semble aujourd'hui quelque peu obscure. La bibliothèque du gymnase comptait jusqu'à 15 000 volumes et était l'une des meilleures de la ville. Une église était également en activité au sein du gymnase.

Après la Révolution de 1917 et la guerre civile, en 1920, il a été décidé de transformer le gymnase en École d'artillerie de Tomsk. En 1965, elle est devenue l'École supérieure militaire de commandement des communications de Tomsk.

Actuellement, le bâtiment abrite la société à responsabilité limitée « Gazprom transgaz Tomsk ».