Das Gymnasium wurde 1838 gegründet, um einen einheitlichen und kontinuierlichen Bildungsprozess jenseits Ural zu gewährleisten. Es war zur Ausbildung von Staatsbeamten und Schul Lehrern gedacht. Der Lehrplan umfasste das Gesetz Gottes, die russische Sprache, alte Sprachen, Latein und bis 1901 Griechisch sowie Geschichte, Mathematik, Physik, Geographie, Kosmographie, Logik, Französisch und Deutsch, Rechtswissenschaften, die von einem Mitglied des Tomsker Bezirksgerichts unterrichtet wurden, und philosophische Propädeutik, ein Fach, das uns heute nicht ganz verständlich erscheint. Die Bibliothek des Gymnasiums umfasste bis zu 15.000 Bände und war eine der besten der Stadt. An das Gymnasium war eine eigene Kirche angeschlossen.

Nach der Revolution von 1917 und dem Bürgerkrieg wurde 1920 beschlossen, das Gymnasium in die Tomsker Artillerieschule umzuwandeln. 1965 wurde es zur Tomsker Höheren Militärischen Kommandoschule für Nachrichten.

Derzeit befindet sich im Gebäude die LLC „Gazprom Transgaz Tomsk“.