Согласно житию Макария, после разрушения Желтоводской обители татарами новое место было найдено на высоком правом берегу реки Унжи. Здесь Макарий установил крест, построил небольшую хижину и выкопал колодец, вода из которого считалась целебной. Он переселился на берег Унжи с разрешения хана Улу-Махмета. В 1444 году Макарий скончался, и над его могилой построили деревянную Макарьевскую церковь, а позже рядом появилась церковь Флора и Лавра. Новое монашеское общежитие получило название «Макарьева новая пустыня Желтоводский монастырь». В 1596 году царь Федор Иоаннович назначил в монастырь строителя, монаха Давида Хвостова, который в 1601 году построил новую каменную церковь Флора и Лавра на месте старой деревянной, а также деревянную колокольню. В то время в монастыре проживало около 20 насельников, а в 1607 году к нему были приписаны несколько рек и озер с угодьями. В XVII веке монастырь дважды переживал пожары в 1650 и 1669 годах. Третий настоятель, игумен Зосима, в 1625 году заменил старую Макарьевскую церковь новой, десятистенной и пятиглавой, с приделами в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и святых Бориса и Глеба. Тогда же монастырь был окружен новой деревянной стеной и построена надвратная церковь во имя Николая Угодника и соловецких чудотворцев Зосимы и Савватия. Археолог П. Г. Инягин в 1994 году утверждал о наличии здесь селища XIV и XVI веков. В культурном слое монастыря были найдены старинные погребения и деревянные срубы XVII века. Особый интерес представляет коллекция фрагментов изразцов, связанных с началом активного каменного строительства во второй половине XVII века. Архитектурный ансамбль сложился в XVII и XIX веках. Монументальное строительство началось во второй половине XVII века, когда были возведены основные сооружения: Троицкий собор, тёплая Макарьевская церковь, церковь Благовещения с трапезной и колокольней, Никольская церковь над Святыми воротами и здание келий. Макарьевская и Никольская церкви были построены солигаличскими каменщиками Гавриилом Антипьевым и Давыдом Гаврииловым Антоновскими. В 1732 и 1735 годах на месте старых деревянных келий, где в 1619 году останавливался царь Михаил Фёдорович, была построена каменная Успенская церковь с больничными кельями. В 1754 и 1764 годах была возведена каменная ограда с четырьмя башнями. В XIX веке многие постройки монастыря подвергались ремонтам и перестройкам, но их первоначальный облик в основном сохранился. Исключение составляют больничные кельи, к которым в первой четверти и середине XIX века был пристроен двухэтажный кирпичный корпус. В 1849 и 1854 годах к трапезной Макарьевской церкви была пристроена паперть.

В 1919 году монастырь был упразднён, а братия изгнана. В 1926 году закрыли первый из монастырских храмов, а в декабре 1929 года закрыли и остальные. Мощи преподобного Макария были переданы в краеведческий музей, а в обители разместились машинно-тракторная станция и зерновые склады. В 1930-х годах, за исключением небольшого участка и двух башен, ограда была разобрана. В 1970 году Костромская реставрационная мастерская начала работы по реставрации монастыря, которые продолжались до начала 1990-х годов под руководством архитекторов Л. С. Васильева и А. П. Чернова. Была воссоздана часть утраченных стен и отреставрированы церковные здания.

16 июля 1993 года решением Священного синода Русской православной церкви Макариево-Унженская обитель была возрождена как женский монастырь, а в январе 1994 года Костромской епархии передали весь ансамбль монастырских зданий. В августе 1994 года архиепископ Костромской и Галичский Александр освятил первый возрождённый храм, Макарьевскую церковь. В 1995 году в обитель из городского храма были перенесены мощи преподобного Макария.

В монастыре продолжаются ремонтные и восстановительные работы. В 1999 году было воссоздано восточное прясло стены с воротами. В 2001 и 2002 годах, из-за ухудшения состояния фундаментов Благовещенской церкви, были проведены срочные противоаварийные работы под руководством Евгения Пашкина и Ю. А. Коваля по укреплению фундаментов и стен здания, однако колокольню спасти не удалось. Под руководством архитектора С. В. Демидова был разработан проект воссоздания обвалившейся колокольни. Первый за сто лет после закрытия монастыря монашеский постриг состоялся в обители 5 апреля 2019 года.