Laut der Lebensgeschichte von Makarius wurde nach der Zerstörung des Gelben Wasserklosters durch die Tataren ein neuer Ort am hohen rechten Ufer des Flusses Unzha gefunden. Hier errichtete Makarius ein Kreuz, baute eine kleine Hütte und grub einen Brunnen, dessen Wasser als heilend galt. Er siedelte mit Erlaubnis des Khans Ulu-Mahmet am Ufer der Unzha um. 1444 starb Makarius, und über seinem Grab wurde die hölzerne Makariuskirche erbaut, später kam die Kirche von Flora und Lavra hinzu. Die neue klösterliche Gemeinschaft erhielt den Namen „Makariowa neue Wüste Gelbes Wasserkloster“. 1596 ernannte Zar Fjodor Ioannowitsch einen Baumeister, den Mönch David Chvostow, der 1601 die neue steinerne Kirche von Flora und Lavra anstelle der alten hölzernen baute, sowie einen hölzernen Glockenturm. Zu dieser Zeit lebten etwa 20 Bewohner im Kloster, und 1607 wurden mehrere Flüsse und Seen mit Ländereien dem Kloster zugeordnet. Im 17. Jahrhundert erlebte das Kloster zweimal Brände, 1650 und 1669. Der dritte Abt, Igumen Zosima, ersetzte 1625 die alte Makariuskirche durch eine neue, zehnwandige und fünfkuppelige, mit Kapellen zu Ehren der Verkündigung der Heiligen Gottesmutter und der Heiligen Boris und Gleb. Damals wurde das Kloster von einer neuen hölzernen Mauer umgeben, und eine Tor-Kirche im Namen des heiligen Nikolaus und der solowezkischen Wundertäter Zosima und Savvatij wurde erbaut. Der Archäologe P. G. Injagin behauptete 1994, dass hier Siedlungen aus dem 14. und 16. Jahrhundert vorhanden waren. Im kulturellen Schicht des Klosters wurden alte Gräber und hölzerne Konstruktionen aus dem 17. Jahrhundert gefunden. Besonders interessant ist die Sammlung von Fragmenten von Fliesen, die mit dem Beginn des aktiven Steinbaus in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts verbunden sind. Das architektonische Ensemble entstand im 17. und 19. Jahrhundert. Der monumentale Bau begann in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts, als die Hauptgebäude errichtet wurden: die Dreifaltigkeitskathedrale, die warme Makariuskirche, die Verkündigungskirche mit Refektorium und Glockenturm, die Nikolauskirche über den Heiligen Toren und das Gebäude der Zellen. Die Makariuskirche und die Nikolauskirche wurden von den Soligalich-Baumeistern Gavriil Antipjew und David Gavriilow Antonow gebaut. 1732 und 1735 wurde anstelle der alten hölzernen Zellen, wo 1619 Zar Michail Fjodorowitsch verweilte, die steinerne Uspenskirche mit Krankenhauszellen erbaut. 1754 und 1764 wurde eine steinerne Umzäunung mit vier Türmen errichtet. Im 19. Jahrhundert wurden viele Gebäude des Klosters renoviert und umgebaut, aber ihr ursprüngliches Aussehen blieb größtenteils erhalten. Eine Ausnahme bilden die Krankenhauszellen, zu denen im ersten Viertel und in der Mitte des 19. Jahrhunderts ein zweigeschossiger Ziegelbau angebaut wurde. 1849 und 1854 wurde an die Refektorium der Makariuskirche eine Vorhalle angebaut.

1919 wurde das Kloster aufgelöst und die Brüder vertrieben. 1926 wurde der erste der Klosterkirchen geschlossen, und im Dezember 1929 wurden auch die anderen geschlossen. Die Reliquien des heiligen Makarius wurden in das Heimatmuseum überführt, und in der Abtei wurden eine Maschinen-Traktor-Station und Getreidespeicher eingerichtet. In den 1930er Jahren wurde die Umzäunung, mit Ausnahme eines kleinen Abschnitts und zweier Türme, abgerissen. 1970 begann die Kostroma-Restaurierungswerkstatt mit der Restaurierung des Klosters, die bis Anfang der 1990er Jahre unter der Leitung der Architekten L. S. Wasiljew und A. P. Tschernow fortgesetzt wurde. Ein Teil der verlorenen Wände wurde wiederhergestellt und die Kirchengebäude restauriert.

Am 16. Juli 1993 wurde durch den Heiligen Synod der Russisch-Orthodoxen Kirche die Makariewo-Unzhenska Abtei als Frauenkloster wiederbelebt, und im Januar 1994 wurde das gesamte Ensemble der Klostergebäude der Kostroma-Eparchie übergeben. Im August 1994 weihte der Erzbischof von Kostroma und Galitsch Alexander die erste wiederhergestellte Kirche, die Makariuskirche. 1995 wurden die Reliquien des heiligen Makarius aus der Stadtkirche in die Abtei übertragen.

Im Kloster werden weiterhin Reparatur- und Restaurierungsarbeiten durchgeführt. 1999 wurde der östliche Abschnitt der Mauer mit Toren wiederhergestellt. In den Jahren 2001 und 2002 wurden aufgrund des schlechten Zustands der Fundamente der Verkündigungskirche dringende Notfallarbeiten unter der Leitung von Jewgeni Pashkin und J. A. Kowal zur Stärkung der Fundamente und Wände des Gebäudes durchgeführt, jedoch konnte der Glockenturm nicht gerettet werden. Unter der Leitung des Architekten S. W. Demidow wurde ein Projekt zur Wiederherstellung des eingestürzten Glockenturms entwickelt. Der erste Mönchsweihe nach hundert Jahren nach der Schließung des Klosters fand am 5. April 2019 in der Abtei statt.