Selon la vie de Macaire, après la destruction du monastère de Jeltovod par les Tatars, un nouvel emplacement a été trouvé sur la haute rive droite de la rivière Unja. Ici, Macaire a établi une croix, construit une petite hutte et creusé un puits, dont l'eau était considérée comme curative. Il s'est installé sur la rive de l'Unja avec la permission du khan Ulu-Makhmet. En 1444, Macaire est décédé, et une église en bois a été construite sur sa tombe, suivie plus tard par l'église de Flore et Lavre. La nouvelle communauté monastique a été nommée « Nouvelle désert de Makariévo, monastère de Jeltovod ». En 1596, le tsar Fiodor Ioannovitch a nommé un constructeur au monastère, le moine David Khvostov, qui en 1601 a construit une nouvelle église en pierre de Flore et Lavre à l'emplacement de l'ancienne en bois, ainsi qu'un clocher en bois. À cette époque, environ 20 moines vivaient au monastère, et en 1607, plusieurs rivières et lacs avec des terres ont été annexés. Au XVIIe siècle, le monastère a subi deux incendies en 1650 et 1669. Le troisième supérieur, l'igoumène Zosime, a remplacé l'ancienne église de Makaire par une nouvelle, à dix murs et cinq coupoles, avec des chapelles en l'honneur de l'Annonciation de la Sainte Vierge et des saints Boris et Gleb. À cette époque, le monastère a été entouré d'un nouveau mur en bois et une église de porte a été construite au nom de Nicolas le Thaumaturge et des saints Zosime et Savvaty de Solovki. L'archéologue P. G. Inyagin a affirmé en 1994 qu'il y avait ici un village des XIVe et XVIe siècles. Dans la couche culturelle du monastère, des sépultures anciennes et des structures en bois du XVIIe siècle ont été trouvées. Une collection de fragments de carreaux, liée au début de la construction active en pierre dans la seconde moitié du XVIIe siècle, suscite un intérêt particulier. L'ensemble architectural s'est formé aux XVIIe et XIXe siècles. La construction monumentale a commencé dans la seconde moitié du XVIIe siècle, lorsque les principales structures ont été érigées : la cathédrale de la Trinité, l'église chaude de Makaire, l'église de l'Annonciation avec la salle à manger et le clocher, l'église de Nicolas au-dessus des portes saintes et le bâtiment des cellules. Les églises de Makaire et de Nicolas ont été construites par des maçons de Soligalich, Gavriil Antipiev et David Gavriilov Antonov. En 1732 et 1735, à l'emplacement des anciennes cellules en bois, où le tsar Mikhaïl Fiodorovitch s'était arrêté en 1619, une église en pierre de l'Assomption avec des cellules hospitalières a été construite. En 1754 et 1764, une clôture en pierre avec quatre tours a été érigée. Au XIXe siècle, de nombreux bâtiments du monastère ont été rénovés et reconstruits, mais leur apparence originale a été principalement préservée. Les cellules hospitalières sont une exception, auxquelles un bâtiment en briques de deux étages a été ajouté au début et au milieu du XIXe siècle. En 1849 et 1854, un porche a été ajouté à la salle à manger de l'église de Makaire.

En 1919, le monastère a été dissous et la fraternité expulsée. En 1926, le premier des temples monastiques a été fermé, et en décembre 1929, les autres ont également été fermés. Les reliques du bienheureux Macaire ont été transférées au musée régional, et une station de machines et de tracteurs ainsi que des silos à grains ont été installés dans le monastère. Dans les années 1930, à l'exception d'une petite section et de deux tours, la clôture a été démolie. En 1970, l'atelier de restauration de Kostroma a commencé des travaux de restauration du monastère, qui se sont poursuivis jusqu'au début des années 1990 sous la direction des architectes L. S. Vassiliev et A. P. Tchernov. Une partie des murs perdus a été recréée et les bâtiments de l'église ont été restaurés.

Le 16 juillet 1993, par décision du Saint-Synode de l'Église orthodoxe russe, le monastère de Makariévo-Unjenski a été rétabli en tant que monastère féminin, et en janvier 1994, l'ensemble des bâtiments monastiques a été transféré à l'Éparchie de Kostroma. En août 1994, l'archevêque de Kostroma et de Galitch, Alexandre, a consacré le premier temple restauré, l'église de Makaire. En 1995, les reliques du bienheureux Macaire ont été transférées au monastère depuis l'église de la ville.

Des travaux de réparation et de restauration se poursuivent au monastère. En 1999, la partie est du mur avec les portes a été recréée. En 2001 et 2002, en raison de la détérioration de l'état des fondations de l'église de l'Annonciation, des travaux d'urgence ont été réalisés sous la direction d'Evgueni Pashkin et de Yu. A. Koval pour renforcer les fondations et les murs du bâtiment, mais il n'a pas été possible de sauver le clocher. Sous la direction de l'architecte S. V. Demidov, un projet de recréation du clocher effondré a été élaboré. La première prise de voile monastique en cent ans après la fermeture du monastère a eu lieu au monastère le 5 avril 2019.