Según la vida de Macario, después de la destrucción del monasterio de Zheltovodsk por los tártaros, se encontró un nuevo lugar en la alta orilla derecha del río Unzhi. Aquí, Macario estableció una cruz, construyó una pequeña cabaña y excavó un pozo, cuya agua se consideraba curativa. Se trasladó a la orilla del Unzhi con el permiso del kan Ulu-Majmet. En 1444, Macario falleció, y sobre su tumba se construyó una iglesia de madera de Macario, y más tarde apareció la iglesia de Flora y Lavra. La nueva comunidad monástica recibió el nombre de "Makariéva nueva desierto del monasterio de Zheltovodsk". En 1596, el zar Fiódor Ioánnovich nombró al constructor, el monje David Jvostov, quien en 1601 construyó una nueva iglesia de piedra de Flora y Lavra en el lugar de la antigua de madera, así como un campanario de madera. En ese momento, había alrededor de 20 residentes en el monasterio, y en 1607 se le asignaron varios ríos y lagos con tierras. En el siglo XVII, el monasterio sufrió dos incendios en 1650 y 1669. El tercer abad, el igumen Zosima, en 1625 reemplazó la antigua iglesia de Macario por una nueva, de diez muros y cinco cúpulas, con capillas en honor a la Anunciación de la Santísima Virgen María y los santos Boris y Gleb. En ese mismo tiempo, el monasterio fue rodeado por una nueva muralla de madera y se construyó una iglesia de entrada en nombre de Nicolás el Taumaturgo y los milagrosos Zosima y Savvatiy de Solovetsky. El arqueólogo P. G. Inyagin afirmó en 1994 la existencia de un asentamiento aquí de los siglos XIV y XVI. En la capa cultural del monasterio se encontraron antiguos enterramientos y troncos de madera del siglo XVII. La colección de fragmentos de azulejos, relacionada con el inicio de la construcción activa de piedra en la segunda mitad del siglo XVII, es de particular interés. El conjunto arquitectónico se formó en los siglos XVII y XIX. La construcción monumental comenzó en la segunda mitad del siglo XVII, cuando se erigieron las principales estructuras: la catedral de la Trinidad, la cálida iglesia de Macario, la iglesia de la Anunciación con refectorio y campanario, la iglesia de Nicolás sobre las Puertas Santas y el edificio de las celdas. Las iglesias de Macario y Nicolás fueron construidas por los canteros de Soligalich, Gavriil Antipiev y David Gavriilov Antonovski. En 1732 y 1735, en el lugar de las antiguas celdas de madera, donde se alojó el zar Mijaíl Fiódorovich en 1619, se construyó una iglesia de piedra de la Asunción con celdas hospitalarias. En 1754 y 1764 se erigió una cerca de piedra con cuatro torres. En el siglo XIX, muchos edificios del monasterio fueron sometidos a reparaciones y reconstrucciones, pero su apariencia original se mantuvo en su mayoría. La excepción son las celdas hospitalarias, a las que se añadió un edificio de ladrillo de dos pisos en el primer cuarto y a mediados del siglo XIX. En 1849 y 1854, se añadió un pórtico al refectorio de la iglesia de Macario.

En 1919, el monasterio fue disuelto y la comunidad fue expulsada. En 1926 se cerró el primero de los templos del monasterio, y en diciembre de 1929 se cerraron los demás. Las reliquias del venerable Macario fueron transferidas al museo local, y en el monasterio se establecieron una estación de maquinaria y tractores y almacenes de granos. En la década de 1930, con la excepción de un pequeño tramo y dos torres, la cerca fue desmantelada. En 1970, el taller de restauración de Kostroma comenzó trabajos de restauración del monasterio, que continuaron hasta principios de la década de 1990 bajo la dirección de los arquitectos L. S. Vasiliev y A. P. Chernov. Se recreó parte de las paredes perdidas y se restauraron los edificios de la iglesia.

El 16 de julio de 1993, por decisión del Sínodo Sagrado de la Iglesia Ortodoxa Rusa, la comunidad de Makariévo-Unzhenski fue renacida como un monasterio femenino, y en enero de 1994, se transfirió todo el conjunto de edificios monásticos a la diócesis de Kostroma. En agosto de 1994, el arzobispo de Kostroma y Galich, Alejandro, consagró la primera iglesia renacida, la iglesia de Macario. En 1995, las reliquias del venerable Macario fueron trasladadas al monasterio desde la iglesia de la ciudad.

En el monasterio continúan los trabajos de reparación y restauración. En 1999, se recreó el tramo oriental de la muralla con puertas. En 2001 y 2002, debido al deterioro de los cimientos de la iglesia de la Anunciación, se realizaron trabajos de emergencia bajo la dirección de Evgeny Pashkin y Yu. A. Koval para fortalecer los cimientos y las paredes del edificio, sin embargo, no se pudo salvar el campanario. Bajo la dirección del arquitecto S. V. Demidov, se desarrolló un proyecto para recrear el campanario derrumbado. La primera tonsura monástica en cien años después del cierre del monasterio tuvo lugar en la comunidad el 5 de abril de 2019.