Русская церковь в Южном Тироле появилась в конце XIX века, когда эти земли были частью Австро-Венгерской империи. С середины XIX века небольшой городок Мерано стал популярным курортом, привлекая русских своей мягкой погодой и живописными альпийскими пейзажами.

В 1870-х годах в Мерано уже существовала русская колония. Для поддержки русских отдыхающих и оказания им помощи, включая поиск недорогого жилья, в 1875 году было создано частное благотворительное общество русских жителей Мерано, известное как Русский комитет. Оно финансировалось за счет пожертвований, в основном от местных врачей.

Русские, приезжавшие лечиться в Мерано, нуждались не только в жилье, но и в православных службах. У многих больных туберкулезом религиозные чувства обострялись из-за осознания хрупкости жизни. Вдали от родины и в чужой культурной среде, они испытывали ностальгию по России. Это побудило комитет заняться созданием церкви. В 1884 году Русский комитет под руководством врача Михаила фон Мессинга обратился к митрополиту Исидору с просьбой благословить создание православного прихода в Мерано во имя святителя Николая.

Посвящение храма святителю Николаю было символичным, так как он был одним из самых почитаемых святых в России. Протоиерей Иоанн Кронштадтский, известный как "батюшка всея Руси", поддержал создание церкви своим авторитетом, хотя конкретных документов о его участии не найдено. Сегодняшние прихожане считают его своим небесным покровителем наряду со святителем Николаем.

Изначально церковь находилась в арендованном помещении на вилле Стефани, но вскоре стало ясно, что нужно большее пространство. Дочь надворного советника Надежда Бородина, не справившись с болезнью, завещала значительную сумму на строительство пансионата для больных из России. В 1897 году строительство Русского дома имени Бородиной было завершено, и церковь разместили на верхнем этаже флигеля, украсив куполом и крестом в русском стиле.

Торжественное освящение нового храма состоялось 3/15 декабря, в канун праздника святителя Николая. На это событие в Мерано собрались русские из всех соседних курортов Тироля. Храм был переполнен, и среди посетителей были не только православные, но и представители местных властей.

Русский дом имени Бородиной стал настоящим уголком России: здесь читали русские газеты, готовили русскую еду, а после обедни подавали самовар для традиционного чаепития.

Первая мировая война в 1914 году прервала спокойную жизнь прихода, и Мерано стал недоступен для русских. В XX веке приход пережил множество испытаний, и Никольский храм едва не был разрушен. Однако с начала 1990-х годов началось возрождение православной жизни. 9 июня 1991 года в храме возобновились редкие богослужения, а в 2002 году была зарегистрирована православная община Московского Патриархата. Первое пасхальное богослужение провел иеромонах Арсений (Соколов).

23 мая 2006 года иеромонах Алексий (Никоноров) был назначен духовным наставником общины, и с тех пор богослужения стали проводиться регулярно, каждое первое и третье воскресенье месяца.