La iglesia rusa en el Tirol del Sur apareció a finales del siglo XIX, cuando estas tierras eran parte del Imperio Austro-Húngaro. Desde mediados del siglo XIX, la pequeña ciudad de Merano se convirtió en un popular balneario, atrayendo a los rusos con su clima suave y sus pintorescos paisajes alpinos.

En la década de 1870, ya existía una colonia rusa en Merano. Para apoyar a los veraneantes rusos y brindarles ayuda, incluida la búsqueda de alojamiento económico, en 1875 se creó una sociedad benéfica privada de residentes rusos en Merano, conocida como el Comité Ruso. Se financió a través de donaciones, principalmente de médicos locales.

Los rusos que venían a curarse en Merano necesitaban no solo alojamiento, sino también servicios ortodoxos. Muchos de los enfermos de tuberculosis sentían intensamente su religiosidad debido a la conciencia de la fragilidad de la vida. Lejos de su patria y en un entorno cultural ajeno, experimentaban nostalgia por Rusia. Esto llevó al comité a ocuparse de la creación de una iglesia. En 1884, el Comité Ruso, bajo la dirección del médico Mijaíl von Messing, se dirigió al metropolitano Isidoro para solicitar la bendición para establecer una parroquia ortodoxa en Merano en nombre del santo Nicolás.

La dedicación de la iglesia al santo Nicolás fue simbólica, ya que él era uno de los santos más venerados en Rusia. El protoiereo Iván de Kronstadt, conocido como "padre de toda Rusia", apoyó la creación de la iglesia con su autoridad, aunque no se han encontrado documentos concretos sobre su participación. Los feligreses actuales lo consideran su protector celestial junto con el santo Nicolás.

Inicialmente, la iglesia se ubicaba en un local alquilado en la villa Stefani, pero pronto se hizo evidente que se necesitaba más espacio. La hija del consejero de la corte, Nadiezhda Borodina, que no pudo superar su enfermedad, legó una suma considerable para la construcción de un sanatorio para enfermos de Rusia. En 1897 se completó la construcción de la Casa Rusa en nombre de Borodina, y la iglesia se ubicó en el último piso de un ala, adornada con una cúpula y una cruz de estilo ruso.

La solemne consagración de la nueva iglesia tuvo lugar el 3/15 de diciembre, en la víspera de la festividad del santo Nicolás. Para este evento, rusos de todos los balnearios vecinos de Tirol se reunieron en Merano. La iglesia estaba llena, y entre los visitantes había no solo ortodoxos, sino también representantes de las autoridades locales.

La Casa Rusa en nombre de Borodina se convirtió en un verdadero rincón de Rusia: aquí se leían periódicos rusos, se preparaba comida rusa, y después de la liturgia se servía samovar para el tradicional té.

La Primera Guerra Mundial en 1914 interrumpió la vida tranquila de la parroquia, y Merano se volvió inaccesible para los rusos. En el siglo XX, la parroquia enfrentó numerosas pruebas, y la iglesia de Nicolás estuvo a punto de ser destruida. Sin embargo, desde principios de la década de 1990, comenzó el renacimiento de la vida ortodoxa. El 9 de junio de 1991, se reanudaron los raros servicios en la iglesia, y en 2002 se registró la comunidad ortodoxa del Patriarcado de Moscú. La primera liturgia de Pascua fue celebrada por el ieromonje Arsenio (Sokolov).

El 23 de mayo de 2006, el ieromonje Alexis (Nikonorov) fue nombrado guía espiritual de la comunidad, y desde entonces los servicios se han celebrado regularmente, cada primer y tercer domingo del mes.