Храм впервые упоминается в XVIII веке, когда в 1773 году на месте кладбищенской часовни началось строительство новой каменной церкви. Были возведены холодный храм в честь Иоанна Предтечи, освящённый 29 мая (9 июня) 1787 года, и тёплый придел в честь Николая Чудотворца, освящённый 2 (13) декабря 1792 года. Церковь была небольшой, её длина составляла 9,5 саженей, а ширина, 3,5 сажени, причём большую часть занимал холодный храм. Колокольня была маленькой и невысокой, а храм не обладал богатой утварью.

Новый храм был приписан к Благовещенскому собору, и до 1835 года богослужения в нём проводились соборным причтом, а также священниками из других храмов Кунгура. Из-за тесноты храма места для молящихся не хватало, и в 1867 году планировалась его перестройка с устройством двух приделов. Однако из-за бедности церкви и небольшого прихода было решено передать храм Кунгурскому женскому монастырю, а приход приписать к Тихвинской церкви, что привело к приостановке перестройки. Тем не менее, в 1872 году приход Предтеченской церкви был сохранён.

9 (21) мая 1886 года была заложена новая часовня в честь иконы Божией Матери и мученика Христофора с восточной стороны храма. В 1889 году на пожертвования купца А. П. Чулошникова храм был украшен живописью. В 1892 году началась масштабная перестройка храма под руководством пермского архитектора А. Б. Турчевича.

27 апреля (9 мая) 1894 года в Иоанно-Предтеченском приделе прошла последняя Литургия, а 22 мая (3 июня) 1894 года на месте снесённого придела были заложены новые приделы.

После Октябрьской революции 1917 года жизнь храма постепенно угасала, и 9 января 1931 года он был закрыт. Его помещения использовались для кузнечно-прессового и сварочного участков, долгое время принадлежали близлежащей колонии. Внутренние интерьеры были полностью переделаны, а художественная роспись утрачена.

1 августа 1990 года здание храма было возвращено верующим, и в последующие годы оно постепенно ремонтировалось. В 1996 году храм посетил Патриарх Алексий II, в том же году для храма были отлиты 7 новых колоколов, а 17 сентября 1997 года на колокольню был установлен шатёр.

Храм является действующим и признан объектом культурного наследия регионального значения.