L'église est mentionnée pour la première fois au XVIIIe siècle, lorsque, en 1773, la construction d'une nouvelle église en pierre a commencé à l'emplacement de la chapelle du cimetière. Un temple froid en l'honneur de Jean-Baptiste a été érigé, consacré le 29 mai (9 juin) 1787, et une chapelle chaude en l'honneur de Nicolas le Miracleux, consacrée le 2 (13) décembre 1792. L'église était petite, mesurant 9,5 sajenes de long et 3,5 sajenes de large, la plus grande partie étant occupée par le temple froid. Le clocher était petit et bas, et l'église ne possédait pas de riche ornementation.

La nouvelle église était rattachée à la cathédrale de l'Annonciation, et jusqu'en 1835, les services religieux y étaient célébrés par le clergé de la cathédrale ainsi que par des prêtres d'autres églises de Kourgane. En raison de l'étroitesse de l'église, il n'y avait pas assez de place pour les fidèles, et en 1867, une reconstruction avec l'ajout de deux chapelles était prévue. Cependant, en raison de la pauvreté de l'église et de la petite congrégation, il a été décidé de transférer l'église au monastère féminin de Kourgane, et la congrégation a été rattachée à l'église de Tikhvine, ce qui a conduit à l'arrêt de la reconstruction. Néanmoins, en 1872, la congrégation de l'église de Jean-Baptiste a été conservée.

Le 9 (21) mai 1886, une nouvelle chapelle en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu et du martyr Christophe a été posée du côté est de l'église. En 1889, grâce aux dons du marchand A. P. Chouloshnikov, l'église a été ornée de peintures. En 1892, une vaste reconstruction de l'église a commencé sous la direction de l'architecte permien A. B. Tourtchevitch.

Le 27 avril (9 mai) 1894, la dernière liturgie a eu lieu dans la chapelle de Jean-Baptiste, et le 22 mai (3 juin) 1894, de nouvelles chapelles ont été posées à l'emplacement de la chapelle démolie.

Après la Révolution d'Octobre de 1917, la vie de l'église s'est progressivement éteinte, et le 9 janvier 1931, elle a été fermée. Ses locaux ont été utilisés pour des sections de forge et de soudage, appartenant longtemps à la colonie voisine. Les intérieurs ont été complètement refaits, et la peinture artistique a été perdue.

Le 1er août 1990, le bâtiment de l'église a été restitué aux croyants, et au cours des années suivantes, il a été progressivement rénové. En 1996, le patriarche Alexis II a visité l'église, et la même année, 7 nouvelles cloches ont été fondues pour l'église, et le 17 septembre 1997, un abri a été installé sur le clocher.

L'église est en activité et reconnue comme un site du patrimoine culturel d'importance régionale.