Монастырь, основанный благодаря подвижнической деятельности Сергия Радонежского, был одним из многих, возникших в то время. Его первым настоятелем стал ученик Сергия, Григорий Голутвинский, назначенный игуменом коломенским епископом Герасимом. Источники упоминают коломенского епископа Григория, что может свидетельствовать о том, что это был именно преподобный Григорий Голутвинский. Легенды монастыря гласят, что Сергий не только выбрал место для обители, но и заложил первый храм в честь Богоявления. В подклете Богоявленского храма до сих пор можно увидеть остатки его фундамента, известные как «камушки преподобного». По преданию, Сергий указал братии место для колодца, и вскоре там забил источник, который действовал до середины XX века, пока монастырь не закрыли, а источник не засыпали и не забетонировали. До закрытия монастыря в 1929 году здесь хранились святыни, связанные с именем Сергия, такие как его посох, крест и ризы. Монастырь на реке Оке также выполнял оборонительную функцию против татарских набегов, что способствовало его развитию.

В XV веке монастырь процветал, укреплялась его монашеская жизнь, был построен зимний храм в честь Сергия Радонежского с высоким подклётом и подсобными помещениями, а также братская трапезная, поварня и хлебодарня. Между Сергиевским и Богоявленским храмами возвели колокольню, разобранную в конце XVIII века. Монастырь владел землями в Москве и Голутвинской слободе, а в 1472 году князь Юрий Васильевич подарил ему сёла Рожек и Маливку. В 1480 году великий князь Иван III посетил монастырь перед походом против татарского хана Ахмата.

Когда мы вошли в монастырь, нас встретили и провели в большую церковь Богоявления с высоким входом и галереей с тремя дверями. Церковь древняя, мы отстояли в ней вечерню и затем пошли в другую церковь в трапезной, посвящённую Сергию. Между этими церквами возвышалась колокольня с куполом, напоминающим церковные.

Обитель процветала, её посещал царь Иван Грозный, здесь была богатая библиотека. В апреле 1912 года настоятелем стал почитаемый старец Варсонофий Оптинский, за год до своей смерти. Монастырь закрыли в 1929 году, а в 1994 году он был передан Московской епархии, и с декабря того же года возобновились богослужения. В 1995 году сюда перевели Московское епархиальное духовное училище, позже преобразованное в Коломенскую православную духовную семинарию.

В октябре 2012 года здания восточного братского и западного гостиничного корпуса, а также другие постройки были переданы семинарией в ведение монастыря.