После смерти последнего царя из династии Рюриковичей на престол взошел боярин Борис Годунов, который сделал блестящую карьеру и еще при Иване Грозном приблизился к власти.

Среди его владений было множество усадеб, включая имение "Красное-на-Волге" близ Костромы, где была возведена великолепная шатровая Богоявленская церковь.

С тех пор прошло много времени, но благодаря записям в клировых книгах известно, что храм был основан в 1592 году. Информация о строителях и жертвователях не сохранилась, но по архитектурному стилю можно предположить, что над ним трудились московские зодчие.

Искусствоведы считают Богоявленскую церковь классическим примером архитектуры времен Бориса Годунова. Храм стоит на массивном подклете, украшен декоративными кокошниками и небольшой главкой. Колокольня расположена на западной стороне и пристроена вместо крыльца. Симметрично пониженные пределы напоминают знаменитую церковь в царском селе Остров. К сожалению, старые росписи внутри не сохранились, и описания дореволюционных фресок тоже нет, поэтому интерьеры пришлось оформлять заново.

В XIX веке Богоявленский приход объединял представителей разных сословий. Знатные и состоятельные люди щедро жертвовали на содержание храма. В конце XIX века на средства верующих рядом была построена церковь Петра и Павла и установлен памятник императору Александру Второму.

После прихода к власти большевиков оба храма закрыли, памятник царю снесли, а Петропавловскую церковь взорвали. Старинное кладбище также не сохранилось, так как было уничтожено советской властью.

В 1990-е годы Богоявленский храм был возвращен Православной Церкви. После капитальной реставрации он получил новый иконостас.