Российская миссия в Мюнхене, столице Баварии, была открыта в 1798 году. Однако, поскольку при ней не было домовой церкви, православные дипломаты посещали греческую Троицкую церковь на Сальваторплатц, где проводились службы для всех православных жителей города. В дни великих праздников некоторые молитвы там читались на русском языке. Император Николай I оказывал финансовую поддержку этой церкви для окормления своих подданных.

Русский приход в Мюнхене появился после большевистской революции, когда в городе обосновались 200-300 эмигрантов из России. В 1921 году начались нерегулярные богослужения в арендованных помещениях, где использовался иконостас из Никольской церкви на вилле графов Адлерберг на Тегернзее. В 1922 году была создана община, которую возглавлял священник Николай фон Бер в 1923 и 1927 годах. Богослужения проводились в зале «Матильденштифт», и община называлась Никольской.

С конца 1920-х годов приход, подчинявшийся РПЦЗ, столкнулся с трудностями из-за отсутствия постоянного священника, и службы проводились только в большие праздники приглашенными священниками. В 1937 году ситуация улучшилась, когда о. Андрей Ловчий, будущий архиепископ Берлинский и Германский, был назначен разъездным священником для Баварии и окормлял общину до своей смерти в 1971 году.

С 1940 года число прихожан начало расти за счет новых беженцев и «остарбайтеров» из России. После Пасхи 1941 года община переехала в временный барачный храм на Деннингерштрасе, 5, где открыли приходскую школу и катехизический кружок. Во время войны возникли трудности с обеспечением свечами, церковным вином и мукой для просфор. Несмотря на это, игумен Александр (Ловчий) в 1941 году начал издавать приходской «Воскресный листок». Был создан миссионерский комитет для работы с военнопленными и «остарбайтерами».

До 1949 года приход сохранял барачный храм, но двумя годами ранее переместился в большой зал на первом этаже музыкальной школы на Сальваторплатц, где до войны находились американская часовня и библиотека. Школа соседствовала с Троицкой греческой церковью, которой временно пользовался русский причт с мая 1943 по февраль 1946 года. В 1945 году в пасхальном крестном ходе вокруг нее участвовали 2000 человек.

В послевоенные годы Мюнхен стал центром русской церковной эмиграции. Здесь проходили архиерейские соборы РПЦЗ, и обосновалось управление Германской епархии. В связи с этим Никольская церковь в 1952 году получила статус кафедрального собора. До начала 1950-х годов в Мюнхене и окрестностях насчитывалось 30-40 тысяч перемещенных лиц из России, которые создали 25 приходов, обслуживаемых 30-40 священниками-эмигрантами. Однако в 1950-1960-е годы многие лагерные церкви закрылись из-за отъезда прихожан и духовенства, и Свято-Николаевский собор приобрел особое значение в Баварии.

Храм на Сальваторплатц был освящен 22 мая 1947 года митрополитами Анастасием и Серафимом (Ляде), епископом Александром (Ловчим) и десятью священниками. Иконостас и утварь были перевезены из предыдущей церкви. Храм считался временным, и с 1957 года городские власти постоянно требовали его переезда, но все предложенные варианты были неподходящими.

В 1980-е годы архитектор Георгий А. Реммих разработал проект однопрестольной церкви в новгородско-псковском стиле. Макет выставили в соборе, и начался сбор средств на покупку земельного участка. Здание планировалось возвести в пригороде Мюнхена Лайм, но немецкие власти постоянно тормозили дело, ссылаясь на высоту храма и недовольство местных жителей колокольным звоном. Сбор средств шел медленно. В приходе состояло около трех тысяч верующих, в основном пожилых людей, ассимилированных русских или обращенных немцев, не понимавших богослужебный язык.

После 1991 года в Мюнхен резко увеличился приток новых российских эмигрантов, многие из которых принимали Православие. Действующий храм стал тесным. В конце 1992 года русской общине передали американский молитвенный дом на окраине, в бывшем военном городке. Переезд в новое здание в районе Перлахер Форст состоялся через два года, перед Троицей. С Сальваторплатц перенесли престол и иконостас. Собор получил новое название, во имя свв. Новомучеников и Исповедников Российских.

После переезда началась переделка здания в православном стиле под руководством старосты В. А. Есиковского, награжденного благословенной грамотой. В 1995 году был устроен левый придел свт. Николая с главкой. Дубовый иконостас для него вырезали в Прибалтике. Храм освятили 3 марта 1997 года, придел, 19 мая 2005 года. В нем служат зимой, по будням и недвунадесятым праздникам.

Переделка затронула все части здания. Боковые фасады оформили глухой аркатурой, сохранив узкие полуциркульные окна с цветными стеклами. Восточная апсида декорирована арками с двумя окнами и рельефным крестом. С юга пристроили одноэтажный приходской зал с отдельным входом.

27 апреля 2000 года в западной части храма началось сооружение звонницы в псковском стиле. В ее стену 1 мая того же года вложили камень из Иерусалима и сосуд с храмоздательной грамотой. В праздник Воздвижения над входом установили постоянный крест. 1 декабря 2002 года на звонницу подняли колокола, отлитые в мастерской братьев Шуваловых в Тутаеве. Двухъярусная звонница, самая русская часть экстерьера, возвышается над крыльцом с небольшой главкой.

Внутри здание вытянуто в плане и имеет двускатное перекрытие. Над входом расположены вместительные хоры. Интерьер освещают трехъярусные хрустальные паникадила. На побеленных стенах развешаны иконы. Двухъярусный иконостас выполнен в России, но иконы взяты из старого иконостаса. Дополнительные образа написала местная иконописица Тамара Сикоева. Новому храму пока не хватает намоленности и православной атмосферы, он кажется слишком большим и бедным в убранстве.