La mission russe à Munich, capitale de la Bavière, a été ouverte en 1798. Cependant, comme il n'y avait pas d'église domestique, les diplomates orthodoxes fréquentaient l'église grecque de la Sainte-Trinité sur Salvatorplatz, où des services étaient célébrés pour tous les habitants orthodoxes de la ville. Lors des grandes fêtes, certaines prières y étaient lues en russe. L'empereur Nicolas Ier soutenait financièrement cette église pour le soin de ses sujets.

La paroisse russe à Munich est apparue après la révolution bolchevique, lorsque 200 à 300 émigrants russes se sont installés dans la ville. En 1921, des services irréguliers ont commencé dans des locaux loués, où un iconostase de l'église de Nicolas sur la villa des comtes Adlerberg au Tegernsee était utilisé. En 1922, une communauté a été créée, dirigée par le prêtre Nicolas von Ber en 1923 et 1927. Les services étaient célébrés dans la salle « Matildenstift », et la communauté était appelée la communauté de Nicolas.

À la fin des années 1920, la paroisse, soumise à l'Église orthodoxe russe à l'étranger, a rencontré des difficultés en raison de l'absence d'un prêtre permanent, et les services n'étaient célébrés que lors des grandes fêtes par des prêtres invités. En 1937, la situation s'est améliorée lorsque le père André Lovtchiy, futur archevêque de Berlin et d'Allemagne, a été nommé prêtre itinérant pour la Bavière et a pris soin de la communauté jusqu'à sa mort en 1971.

À partir de 1940, le nombre de paroissiens a commencé à croître grâce à de nouveaux réfugiés et « travailleurs étrangers » de Russie. Après Pâques 1941, la communauté a déménagé dans un temple temporaire en baraque au 5, Denningstraße, où une école paroissiale et un cercle de catéchisme ont été ouverts. Pendant la guerre, des difficultés sont survenues pour fournir des bougies, du vin d'église et de la farine pour les prosphores. Malgré cela, l'igoumène Alexandre (Lovtchiy) a commencé en 1941 à publier le « Bulletin dominical » de la paroisse. Un comité missionnaire a été créé pour travailler avec les prisonniers de guerre et les « travailleurs étrangers ».

Jusqu'en 1949, la paroisse a conservé le temple en baraque, mais deux ans plus tôt, elle a déménagé dans une grande salle au premier étage de l'école de musique sur Salvatorplatz, où se trouvaient auparavant la chapelle américaine et la bibliothèque. L'école était voisine de l'église grecque de la Sainte-Trinité, que le clergé russe a temporairement utilisée de mai 1943 à février 1946. En 1945, 2000 personnes ont participé à la procession pascale autour d'elle.

Dans les années d'après-guerre, Munich est devenue le centre de l'émigration ecclésiastique russe. Des conciles épiscopaux de l'Église orthodoxe russe à l'étranger s'y sont tenus, et l'administration du diocèse allemand s'y est installée. En raison de cela, l'église de Nicolas a obtenu le statut de cathédrale en 1952. Avant le début des années 1950, il y avait 30 à 40 000 personnes déplacées de Russie à Munich et dans ses environs, qui ont créé 25 paroisses desservies par 30 à 40 prêtres émigrés. Cependant, dans les années 1950-1960, de nombreuses églises de camp ont fermé en raison du départ des paroissiens et du clergé, et la cathédrale Saint-Nicolas a acquis une importance particulière en Bavière.

Le temple sur Salvatorplatz a été consacré le 22 mai 1947 par les métropolites Anastase et Séraphim (Liadé), l'évêque Alexandre (Lovtchiy) et dix prêtres. L'iconostase et les objets liturgiques ont été transférés de l'église précédente. Le temple était considéré comme temporaire, et depuis 1957, les autorités municipales ont constamment exigé son déménagement, mais toutes les options proposées étaient inappropriées.

Dans les années 1980, l'architecte Georgiy A. Remmikh a élaboré un projet d'église à une nef dans le style novgorod-pskovien. Le modèle a été exposé dans la cathédrale, et la collecte de fonds pour l'achat d'un terrain a commencé. Le bâtiment était prévu d'être construit dans la banlieue de Munich à Laim, mais les autorités allemandes ont constamment retardé le projet, invoquant la hauteur du temple et le mécontentement des habitants concernant le son des cloches. La collecte de fonds avançait lentement. La paroisse comptait environ trois mille fidèles, principalement des personnes âgées, des Russes assimilés ou des Allemands convertis, qui ne comprenaient pas la langue liturgique.

Après 1991, le flux de nouveaux émigrants russes à Munich a considérablement augmenté, beaucoup d'entre eux ayant adopté l'orthodoxie. Le temple en activité est devenu trop petit. À la fin de 1992, la communauté russe a reçu une maison de prière américaine à la périphérie, dans un ancien camp militaire. Le déménagement dans le nouveau bâtiment dans le quartier de Perlacher Forst a eu lieu deux ans plus tard, avant la Pentecôte. L'autel et l'iconostase ont été transférés de Salvatorplatz. La cathédrale a reçu un nouveau nom, au nom des Saints Nouveaux Martyrs et Confesseurs Russes.

Après le déménagement, la transformation du bâtiment dans le style orthodoxe a commencé sous la direction du doyen V. A. Yesikovsky, récompensé par un certificat de bénédiction. En 1995, un autel latéral dédié à saint Nicolas a été aménagé avec une coupole. L'iconostase en chêne pour celui-ci a été sculptée dans les pays baltes. Le temple a été consacré le 3 mars 1997, l'autel latéral, le 19 mai 2005. Des services y sont célébrés en hiver, en semaine et lors des fêtes non majeures.

La transformation a touché toutes les parties du bâtiment. Les façades latérales ont été décorées d'arcatures aveugles, tout en conservant de petites fenêtres semi-circulaires avec des vitraux. L'abside orientale est décorée d'arcs avec deux fenêtres et une croix en relief. Au sud, une salle paroissiale de plain-pied a été ajoutée avec une entrée séparée.

Le 27 avril 2000, la construction d'un clocher dans le style pskovien a commencé dans la partie ouest du temple. Dans son mur, le 1er mai de la même année, une pierre de Jérusalem et un récipient contenant un certificat de fondation ont été insérés. À la fête de l'Exaltation, une croix permanente a été installée au-dessus de l'entrée. Le 1er décembre 2002, des cloches coulées dans l'atelier des frères Shouvalov à Tutaev ont été hissées sur le clocher. Le clocher à deux niveaux, la partie la plus russe de l'extérieur, s'élève au-dessus du porche avec une petite coupole.

À l'intérieur, le bâtiment est allongé en plan et a un plafond à deux pentes. Au-dessus de l'entrée se trouvent des chœurs spacieux. L'intérieur est éclairé par des lustres en cristal à trois niveaux. Des icônes sont accrochées sur les murs blanchis. L'iconostase à deux niveaux a été réalisée en Russie, mais les icônes proviennent de l'ancien iconostase. Des images supplémentaires ont été peintes par la peintre d'icônes locale Tamara Sikoieva. Le nouveau temple manque encore de piété et d'atmosphère orthodoxe, il semble trop grand et pauvre en décoration.