Die russische Mission in München, der Hauptstadt Bayerns, wurde 1798 eröffnet. Da es jedoch keine Hauskirche gab, besuchten die orthodoxen Diplomaten die griechische Dreifaltigkeitskirche am Salvatorplatz, wo Gottesdienste für alle orthodoxen Einwohner der Stadt stattfanden. An großen Feiertagen wurden dort einige Gebete auf Russisch gelesen. Kaiser Nikolaus I. unterstützte diese Kirche finanziell, um seine Untertanen zu betreuen.

Die russische Gemeinde in München entstand nach der bolschewistischen Revolution, als sich 200-300 Emigranten aus Russland in der Stadt niederließen. 1921 begannen unregelmäßige Gottesdienste in angemieteten Räumen, wo der Ikonostase aus der Nikolauskirche auf der Villa der Grafen Adlerberg am Tegernsee verwendet wurde. 1922 wurde eine Gemeinde gegründet, die von Pfarrer Nikolai von Ber in den Jahren 1923 und 1927 geleitet wurde. Die Gottesdienste fanden im Saal „Matthildienstift“ statt, und die Gemeinde wurde Nikolauskirche genannt.

Seit Ende der 1920er Jahre hatte die zur RPTsZ gehörende Gemeinde Schwierigkeiten aufgrund des Fehlens eines ständigen Priesters, und die Gottesdienste wurden nur an großen Feiertagen von eingeladenen Priestern gehalten. 1937 besserte sich die Situation, als P. Andrei Lowtschi, der zukünftige Erzbischof von Berlin und Deutschland, als reisender Priester für Bayern ernannt wurde und die Gemeinde bis zu seinem Tod im Jahr 1971 betreute.

Ab 1940 begann die Zahl der Gemeindemitglieder durch neue Flüchtlinge und „Ostarbeiter“ aus Russland zu wachsen. Nach Ostern 1941 zog die Gemeinde in eine vorübergehende Barackenkirche in der Denningerstraße 5, wo eine Gemeindeschule und ein Katechismuskreis eröffnet wurden. Während des Krieges gab es Schwierigkeiten mit der Versorgung von Kerzen, Kirchenwein und Mehl für die Prosphora. Trotz dieser Umstände begann der Abt Alexander (Lowtschi) 1941, das Gemeindeblatt „Sonntagsblatt“ herauszugeben. Ein Missionskomitee wurde gegründet, um mit Kriegsgefangenen und „Ostarbeitern“ zu arbeiten.

Bis 1949 behielt die Gemeinde die Barackenkirche, zog jedoch zwei Jahre zuvor in einen großen Saal im Erdgeschoss der Musikschule am Salvatorplatz, wo sich vor dem Krieg die amerikanische Kapelle und Bibliothek befanden. Die Schule grenzte an die griechische Dreifaltigkeitskirche, die von Mai 1943 bis Februar 1946 vorübergehend von der russischen Gemeinde genutzt wurde. 1945 nahmen 2000 Menschen am österlichen Kreuzweg um sie teil.

In den Nachkriegsjahren wurde München zum Zentrum der russischen Kirchenemigration. Hier fanden die Bischofssynoden der RPTsZ statt, und die Verwaltung der Deutschen Diözese ließ sich nieder. In diesem Zusammenhang erhielt die Nikolauskirche 1952 den Status einer Kathedrale. Bis Anfang der 1950er Jahre lebten in München und Umgebung 30-40 Tausend Vertriebene aus Russland, die 25 Gemeinden gründeten, die von 30-40 emigrierten Priestern betreut wurden. In den 1950er und 1960er Jahren schlossen jedoch viele Lagerkirchen aufgrund der Abwanderung von Gemeindemitgliedern und Geistlichen, und die Heilig-Nikolaus-Kathedrale gewann besondere Bedeutung in Bayern.

Die Kirche am Salvatorplatz wurde am 22. Mai 1947 von den Metropoliten Anastasios und Seraphim (Ljade), dem Bischof Alexander (Lowtschi) und zehn Priestern geweiht. Der Ikonostase und die Utensilien wurden aus der vorherigen Kirche transportiert. Die Kirche galt als vorübergehend, und seit 1957 forderten die Stadtbehörden ständig ihren Umzug, aber alle vorgeschlagenen Optionen waren ungeeignet.

In den 1980er Jahren entwarf der Architekt Georgij A. Remmikh ein Projekt für eine einschiffige Kirche im novgorodisch-pskowischen Stil. Das Modell wurde in der Kathedrale ausgestellt, und es begann die Sammlung von Mitteln für den Kauf eines Grundstücks. Das Gebäude sollte im Münchener Vorort Laim errichtet werden, aber die deutschen Behörden bremsten ständig die Angelegenheit, unter Berufung auf die Höhe der Kirche und die Unzufriedenheit der Anwohner mit dem Glockenläuten. Die Mittelbeschaffung verlief langsam. In der Gemeinde waren etwa dreitausend Gläubige, hauptsächlich ältere Menschen, assimiliertes Russen oder konvertierte Deutsche, die die liturgische Sprache nicht verstanden.

Nach 1991 stieg der Zustrom neuer russischer Emigranten nach München stark an, von denen viele das Orthodoxe Glauben annahmen. Die bestehende Kirche wurde eng. Ende 1992 wurde der russischen Gemeinde ein amerikanisches Gebetshaus am Stadtrand, in einem ehemaligen Militärdorf, übergeben. Der Umzug in das neue Gebäude im Stadtteil Perlacher Forst fand zwei Jahre später, vor dem Pfingstfest, statt. Der Altar und der Ikonostase wurden vom Salvatorplatz dorthin gebracht. Die Kathedrale erhielt einen neuen Namen, zu Ehren der Heiligen Neumärtyrer und Bekenner Russlands.

Nach dem Umzug begann die Umgestaltung des Gebäudes im orthodoxen Stil unter der Leitung des Vorstehers W. A. Jesikowski, der mit einem Segensschreiben ausgezeichnet wurde. 1995 wurde ein linker Altar des hl. Nikolaus mit einer Kuppel eingerichtet. Der Eichenikonsotase für ihn wurde im Baltikum geschnitzt. Die Kirche wurde am 3. März 1997 geweiht, der Altar am 19. Mai 2005. In ihr wird im Winter, an Wochentagen und an nicht-zwölf Feiertagen gedient.

Die Umgestaltung betraf alle Teile des Gebäudes. Die seitlichen Fassaden wurden mit blinder Arkatur gestaltet, wobei die schmalen halbrunden Fenster mit bunten Gläsern erhalten blieben. Die östliche Apsis ist mit Bögen mit zwei Fenstern und einem reliefierten Kreuz dekoriert. Im Süden wurde ein einstöckiger Gemeindesaal mit separatem Eingang angebaut.

Am 27. April 2000 begann im westlichen Teil der Kirche der Bau eines Glockenturms im pskowischen Stil. In seine Wand wurde am 1. Mai desselben Jahres ein Stein aus Jerusalem und ein Gefäß mit der Gründungsgeschichte eingelassen. Am Fest der Erhöhung wurde über dem Eingang ein permanenter Kreuz angebracht. Am 1. Dezember 2002 wurden die Glocken, die in der Werkstatt der Brüder Schuwalow in Tutaev gegossen wurden, in den Glockenturm gehoben. Der zweigeschossige Glockenturm, der russischste Teil der Fassade, erhebt sich über dem Vorbau mit einer kleinen Kuppel.

Im Inneren ist das Gebäude im Grundriss gestreckt und hat ein Satteldach. Über dem Eingang befinden sich geräumige Chöre. Der Innenraum wird von dreistufigen Kristallleuchtern beleuchtet. An den weiß getünchten Wänden hängen Ikonen. Der zweigeschossige Ikonostase wurde in Russland gefertigt, aber die Ikonen stammen aus dem alten Ikonostase. Zusätzliche Bilder wurden von der lokalen Ikonenmalerin Tamara Sikoeva gemalt. Der neuen Kirche fehlt es noch an Gebetsatmosphäre und orthodoxem Geist, sie erscheint zu groß und arm an Ausstattung.