La misión rusa en Múnich, capital de Baviera, fue abierta en 1798. Sin embargo, como no había iglesia doméstica, los diplomáticos ortodoxos asistían a la iglesia griega de la Trinidad en Salvatorplatz, donde se celebraban servicios para todos los habitantes ortodoxos de la ciudad. En los días de grandes festividades, algunas oraciones se leían en ruso. El emperador Nicolás I brindó apoyo financiero a esta iglesia para atender a sus súbditos.

La parroquia rusa en Múnich surgió después de la revolución bolchevique, cuando se establecieron en la ciudad entre 200 y 300 emigrantes de Rusia. En 1921 comenzaron los servicios irregulares en locales alquilados, donde se utilizó el iconostasio de la iglesia de Nicolás en la villa de los condes Adlerberg en Tegernsee. En 1922 se formó una comunidad, dirigida por el sacerdote Nicolás von Ber en 1923 y 1927. Los servicios se celebraban en el salón "Matildenstift", y la comunidad se llamaba de Nicolás.

Desde finales de la década de 1920, la parroquia, subordinada a la RPCZ, enfrentó dificultades debido a la falta de un sacerdote permanente, y los servicios se celebraban solo en grandes festividades por sacerdotes invitados. En 1937, la situación mejoró cuando el padre Andrés Lovchiy, futuro arzobispo de Berlín y Alemania, fue nombrado sacerdote itinerante para Baviera y atendió a la comunidad hasta su muerte en 1971.

Desde 1940, el número de feligreses comenzó a crecer gracias a nuevos refugiados y "ostarbeiter" de Rusia. Después de la Pascua de 1941, la comunidad se trasladó a un templo temporal en Denningersstraße, 5, donde abrieron una escuela parroquial y un círculo de catequesis. Durante la guerra, surgieron dificultades para obtener velas, vino de altar y harina para prosforas. A pesar de esto, el igumen Alejandro (Lovchiy) comenzó en 1941 a publicar el "Boletín Dominical" de la parroquia. Se formó un comité misionero para trabajar con prisioneros de guerra y "ostarbeiter".

Hasta 1949, la parroquia mantuvo el templo en barracas, pero dos años antes se trasladó a un gran salón en el primer piso de la escuela de música en Salvatorplatz, donde antes de la guerra estaban la capilla americana y la biblioteca. La escuela estaba adyacente a la iglesia griega de la Trinidad, que fue utilizada temporalmente por el clero ruso desde mayo de 1943 hasta febrero de 1946. En 1945, 2000 personas participaron en la procesión pascual alrededor de ella.

En los años de posguerra, Múnich se convirtió en el centro de la emigración eclesiástica rusa. Aquí se llevaron a cabo los concilios episcopales de la RPCZ, y se estableció la administración de la diócesis alemana. En este contexto, la iglesia de Nicolás recibió en 1952 el estatus de catedral. Hasta principios de la década de 1950, había entre 30,000 y 40,000 desplazados de Rusia en Múnich y sus alrededores, que crearon 25 parroquias atendidas por 30-40 sacerdotes emigrantes. Sin embargo, en las décadas de 1950 y 1960, muchas iglesias de los campos cerraron debido a la partida de feligreses y clérigos, y la Catedral de San Nicolás adquirió un significado especial en Baviera.

El templo en Salvatorplatz fue consagrado el 22 de mayo de 1947 por los metropolitas Anastasio y Serafín (Lyade), el obispo Alejandro (Lovchiy) y diez sacerdotes. El iconostasio y los utensilios fueron trasladados de la iglesia anterior. El templo se consideraba temporal, y desde 1957 las autoridades municipales exigían constantemente su reubicación, pero todas las opciones propuestas eran inadecuadas.

En la década de 1980, el arquitecto Georgiy A. Remmikh desarrolló un proyecto para una iglesia de un solo altar en estilo novgorod-pskov. El modelo se exhibió en la catedral y comenzó la recaudación de fondos para la compra del terreno. Se planeaba construir el edificio en el suburbio de Múnich, en Laim, pero las autoridades alemanas constantemente retrasaban el asunto, citando la altura del templo y el descontento de los residentes locales por el sonido de las campanas. La recaudación de fondos avanzaba lentamente. La parroquia contaba con alrededor de tres mil creyentes, en su mayoría personas mayores, rusos asimilados o alemanes convertidos, que no entendían el idioma litúrgico.

Después de 1991, Múnich experimentó un aumento drástico en la llegada de nuevos emigrantes rusos, muchos de los cuales aceptaron la Ortodoxia. El templo en funcionamiento se volvió pequeño. A finales de 1992, se transfirió a la comunidad rusa una casa de oración americana en las afueras, en un antiguo asentamiento militar. La mudanza al nuevo edificio en el área de Perlacher Forst se realizó dos años después, antes de la Trinidad. Se trasladaron el altar y el iconostasio de Salvatorplatz. La catedral recibió un nuevo nombre, en honor a los santos Nuevos Mártires y Confesores Rusos.

Después de la mudanza, comenzó la remodelación del edificio en estilo ortodoxo bajo la dirección del anciano V. A. Yesikovsky, quien fue galardonado con un certificado de bendición. En 1995 se organizó el altar lateral de San Nicolás con una cúpula. El iconostasio de roble para él fue tallado en los países bálticos. El templo fue consagrado el 3 de marzo de 1997, y el altar lateral, el 19 de mayo de 2005. En él se celebra el servicio en invierno, en días laborables y en festividades no dobles.

La remodelación afectó todas las partes del edificio. Las fachadas laterales fueron decoradas con arquerías ciegas, conservando las estrechas ventanas semicirculares con vidrieras. La absidi oriental está decorada con arcos con dos ventanas y una cruz en relieve. Al sur se añadió un salón parroquial de una planta con entrada independiente.

El 27 de abril de 2000, comenzó la construcción de una campanario en el estilo pskoviano en la parte occidental del templo. En su pared, el 1 de mayo del mismo año, se colocó una piedra de Jerusalén y un recipiente con un certificado de construcción del templo. En la festividad de la Elevación, se instaló una cruz permanente sobre la entrada. El 1 de diciembre de 2002, se elevaron las campanas en el campanario, fundidas en el taller de los hermanos Shuválov en Tutáyev. El campanario de dos niveles, la parte más rusa del exterior, se eleva sobre el pórtico con una pequeña cúpula.

En el interior, el edificio tiene un plano alargado y un techo a dos aguas. Sobre la entrada hay un amplio coro. El interior está iluminado por candelabros de cristal de tres niveles. En las paredes blanqueadas cuelgan íconos. El iconostasio de dos niveles fue realizado en Rusia, pero los íconos provienen del antiguo iconostasio. Imágenes adicionales fueron pintadas por la iconógrafa local Tamara Sikojeva. Al nuevo templo aún le falta la devoción y la atmósfera ortodoxa, parece demasiado grande y pobre en decoración.