Каменная церковь Преображения Господня была возведена на средства петрозаводского купца первой гильдии и почетного гражданина Марка Пименова в период с 1853 по 1855 годы. Ее освящение состоялось 10 июня 1855 года. На строительство было потрачено 15 тысяч серебром. В 1856 году над мощами преподобного, покоящимися в церкви, купцом Марком Пименовым и его женой Матрёной Тимофеевной была установлена вызолоченная резная рака. На верхней доске изображен преподобный Иона Яшезерский в серебряной ризе 84 пробы с позолоченным венцом. Вес ризы составляет 14 фунтов 44 золотника, она окружена чугунной решеткой.

12 сентября 1857 года указом Святейшего Синода Яшезерская пустынь обрела самостоятельность с учреждением строителя и назначением штата из семи монахов. Благодаря пожертвованиям и доходам от монастырских земель был построен новый комплекс зданий, в котором преобладали каменные постройки. Возведена новая ограда с башнями по углам и два двухэтажных келейных корпуса. За пределами ограды были построены гостиница для паломников и хозяйственные сооружения: скотный двор, сенник, конюшня, четыре хлева, кузница, баня, смолоплавильня, рига, каретник, прачечная и другие. С этого момента обитель пережила свое второе рождение.

Иеромонах Нафанаил, непосредственный очевидец этих событий, в своем рапорте епископу Аркадию отметил: "Исполнение всей постройки церкви по плану и фасаду превосходно. Церковь еще не оштукатурена снаружи, но будет удивительно хороша. Эта теплая каменная церковь, великое украшение Яшезерской обители, истинное утешение ее и радость для окрестных жителей, которые с благоговением относятся к святости этого места благодаря мощам святого основателя пустыни, преподобного Ионы". В сентябре того же года в пустынь были доставлены иконы для трехъярусного иконостаса Преображенской церкви, выполненные по заказу и на средства благотворителя из Санкт-Петербурга. "Иконы эти я видел, продолжает Нафанаил, но, не будучи сведущ в иконописании и живописи, не берусь оценивать их художественную ценность. Скажу лишь, что такие иконы, редкость в здешнем краю. При мне, пишет Нафанаил, как бы на счастье, привели корову в подарок обители и обещали привезти еще двух из Ладвы и Шокши".

В советское время монастырь был упразднен и закрыт, а его имущество национализировано. На территории монастыря располагались пенитенциарные учреждения, летние лагеря, лесхозпредприятия и лесозаготовители. Из-за такого использования монастырь быстро пришел в упадок и к началу 1980-х годов большей частью разрушился.