Die steinerne Kirche der Verklärung des Herrn wurde mit Mitteln des petrosawodsker Kaufmanns erster Gilde und Ehrenbürgers Mark Pimenow in der Zeit von 1853 bis 1855 errichtet. Ihre Weihe fand am 10. Juni 1855 statt. Für den Bau wurden 15.000 Silber ausgegeben. Im Jahr 1856 wurde über den Reliquien des Heiligen, die in der Kirche ruhen, von Kaufmann Mark Pimenow und seiner Frau Matryona Timofeyevna eine vergoldete geschnitzte Reliquie aufgestellt. Auf der oberen Tafel ist der Heilige Jona von Jaschesero in einem silbernen Gewand 84. Probe mit einer vergoldeten Krone abgebildet. Das Gewicht des Gewandes beträgt 14 Pfund 44 Zolotnik, es ist von einem gusseisernen Gitter umgeben.

Am 12. September 1857 erhielt die Jascheser Wüste durch Erlass des Heiligen Synods die Selbstständigkeit mit der Ernennung eines Baumeisters und der Festlegung eines Personals von sieben Mönchen. Dank Spenden und Einnahmen aus den Klosterlandflächen wurde ein neuer Gebäudekomplex errichtet, in dem vorwiegend steinerne Bauten vorherrschten. Eine neue Umzäunung mit Türmen an den Ecken und zwei zweigeschossige Zellengebäude wurden errichtet. Außerhalb der Umzäunung wurden ein Gästehaus für Pilger und Wirtschaftsgebäude errichtet: ein Viehstall, eine Heuboden, ein Pferdestall, vier Scheunen, eine Schmiede, ein Bad, eine Teerhütte, eine Wagenremise, eine Wäscherei und andere. Von diesem Moment an erlebte die Abtei ihre zweite Geburt.

Der Hieromönch Nafanail, ein unmittelbarer Zeuge dieser Ereignisse, bemerkte in seinem Bericht an Bischof Arkadi: "Die Ausführung des gesamten Kirchenbaus nach Plan und Fassade ist hervorragend. Die Kirche ist außen noch nicht verputzt, wird aber erstaunlich schön sein. Diese warme steinerne Kirche, eine große Zierde der Jascheser Abtei, ist wahrhaftiger Trost und Freude für die Anwohner, die mit Ehrfurcht die Heiligkeit dieses Ortes wegen der Reliquien des heiligen Gründers der Wüste, des Heiligen Jona, betrachten." Im September desselben Jahres wurden Ikonen für den dreistöckigen Ikonostase der Verklärungskirche in die Wüste geliefert, die auf Bestellung und mit Mitteln eines Wohltäters aus Sankt Petersburg angefertigt wurden. "Diese Ikonen habe ich gesehen, fährt Nafanail fort, aber da ich kein Fachmann in der Ikonenmalerei und Malerei bin, kann ich ihren künstlerischen Wert nicht beurteilen. Ich kann nur sagen, dass solche Ikonen eine Seltenheit in dieser Gegend sind. Bei mir, schreibt Nafanail, wurde wie zum Glück eine Kuh als Geschenk an die Abtei gebracht und es wurde versprochen, noch zwei aus Ladwa und Schoksha zu bringen.

In der Sowjetzeit wurde das Kloster aufgelöst und geschlossen, und sein Eigentum wurde nationalisiert. Auf dem Gebiet des Klosters befanden sich Strafanstalten, Sommerlager, Forstbetriebe und Holzernteunternehmen. Aufgrund dieser Nutzung kam das Kloster schnell in Verfall und war bis Anfang der 1980er Jahre größtenteils zerstört.