L'église en pierre de la Transfiguration du Seigneur a été érigée grâce aux fonds du marchand de la première guilde et citoyen d'honneur Mark Pimenov entre 1853 et 1855. Sa consécration a eu lieu le 10 juin 1855. La construction a coûté 15 000 roubles en argent. En 1856, une châsse dorée a été installée au-dessus des reliques du saint, reposant dans l'église, par le marchand Mark Pimenov et sa femme Matryona Timofeievna. Sur la planche supérieure est représenté le saint Iona de Yashézero en chasuble d'argent 84 carats avec une couronne dorée. Le poids de la chasuble est de 14 livres et 44 zolotniks, elle est entourée d'une grille en fonte.

Le 12 septembre 1857, par décret du Saint-Synode, la désert de Yashézero a acquis son autonomie avec la nomination d'un constructeur et d'un personnel de sept moines. Grâce aux dons et aux revenus des terres monastiques, un nouveau complexe de bâtiments a été construit, dominé par des constructions en pierre. Une nouvelle clôture avec des tours aux coins a été érigée ainsi que deux corps de cellules à deux étages. En dehors de la clôture, une auberge pour les pèlerins et des installations agricoles ont été construites : une étable, un fenil, une écurie, quatre granges, une forge, un bain, une distillerie de résine, un riga, un garage, une blanchisserie et d'autres. À partir de ce moment, le monastère a connu sa seconde naissance.

L'hiéromoine Naphanaïl, témoin direct de ces événements, a noté dans son rapport à l'évêque Arcadius : "L'exécution de toute la construction de l'église selon le plan et la façade est excellente. L'église n'est pas encore crépie à l'extérieur, mais elle sera d'une beauté incroyable. Cette église en pierre chaude, grand ornement de la communauté de Yashézero, véritable consolation et joie pour les habitants des environs, qui respectent la sainteté de ce lieu grâce aux reliques du saint fondateur du désert, le bienheureux Iona". En septembre de la même année, des icônes pour le triptyque de l'église de la Transfiguration, commandées et financées par un bienfaiteur de Saint-Pétersbourg, ont été livrées au désert. "Ces icônes, je les ai vues, continue Naphanaïl, mais n'étant pas expert en iconographie et en peinture, je ne me permets pas d'évaluer leur valeur artistique. Je dirai seulement que de telles icônes sont rares dans cette région. Pendant que j'étais là, écrit Naphanaïl, comme par chance, une vache a été amenée en cadeau au monastère et on a promis d'en apporter deux autres de Ladva et Shoksha.

À l'époque soviétique, le monastère a été dissous et fermé, et ses biens nationalisés. Sur le territoire du monastère se trouvaient des établissements pénitentiaires, des camps d'été, des entreprises forestières et des exploitants forestiers. En raison de cette utilisation, le monastère a rapidement décliné et, au début des années 1980, était en grande partie en ruines.