La iglesia de piedra de la Transfiguración del Señor fue construida con los fondos del comerciante de Petrozavodsk de la primera guilda y ciudadano honorario Mark Pimenov entre 1853 y 1855. Su consagración tuvo lugar el 10 de junio de 1855. Se gastaron 15 mil rublos en plata para la construcción. En 1856, sobre las reliquias del santo, que descansan en la iglesia, el comerciante Mark Pimenov y su esposa Matryona Timofeyevna instalaron un sarcófago tallado y dorado. En la tabla superior se representa al santo Iona de Yashezersk en una túnica de plata de 84 quilates con una corona dorada. El peso de la túnica es de 14 libras y 44 zolotniks, y está rodeada por una reja de hierro fundido.

El 12 de septiembre de 1857, por decreto del Santo Sínodo, el desierto de Yashezersk adquirió autonomía con la creación de un constructor y la designación de un personal de siete monjes. Gracias a donaciones y los ingresos de las tierras del monasterio, se construyó un nuevo complejo de edificios, predominando las construcciones de piedra. Se erigió una nueva cerca con torres en las esquinas y dos edificios de celdas de dos pisos. Fuera de la cerca se construyeron una posada para peregrinos y edificios de servicio: un establo, un heno, un establo para caballos, cuatro graneros, una herrería, un baño, una destilería de brea, un carro, un lavadero y otros. Desde este momento, la comunidad experimentó su segundo renacimiento.

El hieromonje Nafanaíl, testigo directo de estos eventos, en su informe al obispo Arcadio señaló: "La ejecución de toda la construcción de la iglesia según el plan y la fachada es excelente. La iglesia aún no está enyesada por fuera, pero será sorprendentemente hermosa. Esta cálida iglesia de piedra, gran adorno de la comunidad de Yashezersk, verdadero consuelo y alegría para los habitantes de los alrededores, que veneran la santidad de este lugar gracias a las reliquias del santo fundador del desierto, el venerable Iona". En septiembre de ese mismo año, se entregaron íconos para el iconostasio de tres niveles de la iglesia de la Transfiguración, realizados por encargo y con fondos de un benefactor de San Petersburgo. "Estos íconos los vi, continúa Nafanaíl, pero, no siendo experto en iconografía y pintura, no me atrevo a evaluar su valor artístico. Solo diré que tales íconos son una rareza en esta región. En mi presencia, escribe Nafanaíl, como si fuera para la suerte, trajeron una vaca como regalo para la comunidad y prometieron traer otras dos de Ladva y Shoksha".

En la época soviética, el monasterio fue abolido y cerrado, y sus bienes nacionalizados. En el territorio del monasterio se ubicaron instituciones penitenciarias, campamentos de verano, empresas forestales y taladores. Debido a este uso, el monasterio rápidamente entró en decadencia y para principios de la década de 1980, en su mayor parte, se había destruido.