Иоанно-Богословская церковь считается важной исторической святыней столицы Мордовии. Это одна из древнейших достопримечательностей Саранска и всей республики, редкая жемчужина региона. Храм великого евангелиста начал свою историю, вероятно, в начале XVII века. Современное здание датируется 1700 годом, хотя некоторые источники указывают на 1693 год. Церковь расположена в центре Саранска, который изначально был крепостью на границе, защищавшей от набегов Ногайской орды и крымчаков.

Исторические записи свидетельствуют, что крещение мордвы началось в XVI веке и завершилось к середине следующего столетия благодаря местным православным храмам. Саранск строился рядом с уже существовавшими поселениями, такими как Ивановское, где в 1600 году построили первую церковь в честь Иоанна Богослова. Эта деревянная церковь оставалась действующей более ста лет после постройки нового каменного храма, который также был освящён во имя Иоанна Богослова. В 1824 году её разобрали и перевезли в село Маколово.

Точные даты строительства многих российских храмов часто теряются, но о времени возведения Иоанно-Богословской церкви можно судить с уверенностью. В 1873 году при снятии покрова с престола был обнаружен антиминс, датированный 1600 годом. Когда пришло время строить каменное здание, мастеров пригласили из Москвы или Нижнего Новгорода. Новый храм был возведён в стиле московского барокко, известного как нарышкинское, популярного в России с конца XVII века.

В 1711 году к храму добавились колокольня и трапезная, позже появились два придела. Храм уцелел в пожарах 1817, 1852 и 1869 годов, которые уничтожили большую часть деревянного Саранска. До революции 1917 года за храмом числились пашенные земли и лесные угодья. Штат состоял из двух священников, одного диакона и двух псаломщиков.

После Октябрьской революции началось массовое разграбление храмов. Иоанно-Богословский храм в Саранске чудом сохранился. В 1930-х годах его закрыли, ссылаясь на снижение посещаемости. Однако здание пустовало, и вскоре храм был возвращён верующим. В 1938 году его снова закрыли, сославшись на ветхость, и разместили в нём архив НКВД, что, возможно, спасло его от разрушения.

В 1944 году, во время Великой Отечественной войны, храм вновь стал действующим. В 1946 году его отремонтировали, обновили росписи и оштукатурили стены. В 1960 году храм получил статус памятника архитектуры федерального значения.

В послевоенные годы храм восстанавливали всем миром. В 1970-1980-е годы он вновь обрёл популярность. В 1991 году была образована Саранская и Мордовская епархия, и храм стал кафедральным собором до постройки нового собора во имя Феодора Ушакова.

В 2002 году на территории прихода построили духовно-просветительский центр с крестильной церковью, освящённой в 2003 году. Главный престол храма посвящён Иоанну Богослову, правый, Благовещению Пресвятой Богородицы, левый, святителю Николаю Чудотворцу. В храме хранится чтимый список Владимирской иконы Божией Матери XVI века.