La iglesia de San Juan Bautista se considera una importante reliquia histórica de la capital de Mordovia. Es uno de los monumentos más antiguos de Saransk y de toda la república, una rara joya de la región. La historia del templo del gran evangelista comenzó, probablemente, a principios del siglo XVII. El edificio moderno data de 1700, aunque algunas fuentes indican 1693. La iglesia está ubicada en el centro de Saransk, que originalmente era una fortaleza en la frontera, protegiendo contra las incursiones de la Horda Nogai y los crimeos.

Los registros históricos indican que el bautismo de los mordvinos comenzó en el siglo XVI y se completó a mediados del siguiente siglo gracias a las iglesias ortodoxas locales. Saransk se construyó cerca de asentamientos ya existentes, como Ivanovskoye, donde en 1600 se construyó la primera iglesia en honor a San Juan Bautista. Esta iglesia de madera permaneció en funcionamiento más de cien años después de la construcción de un nuevo templo de piedra, que también fue consagrado en nombre de San Juan Bautista. En 1824 fue desmantelada y trasladada a la aldea de Makolovo.

Las fechas exactas de construcción de muchas iglesias rusas a menudo se pierden, pero se puede juzgar con certeza el tiempo de edificación de la iglesia de San Juan Bautista. En 1873, al retirar el velo del altar, se encontró un antimins datado en 1600. Cuando llegó el momento de construir el edificio de piedra, se invitaron maestros de Moscú o Nizhni Nóvgorod. El nuevo templo fue erigido en el estilo barroco moscovita, conocido como Naryshkin, popular en Rusia desde finales del siglo XVII.

En 1711, se añadieron al templo un campanario y una sala de comidas, y más tarde aparecieron dos capillas. El templo sobrevivió a los incendios de 1817, 1852 y 1869, que destruyeron gran parte de la Saransk de madera. Hasta la revolución de 1917, el templo contaba con tierras de cultivo y bosques. El personal consistía en dos sacerdotes, un diácono y dos salmistas.

Después de la Revolución de Octubre, comenzó el saqueo masivo de iglesias. La iglesia de San Juan Bautista en Saransk se salvó por un milagro. En la década de 1930 fue cerrada, citando la disminución de la asistencia. Sin embargo, el edificio permaneció vacío, y pronto la iglesia fue devuelta a los creyentes. En 1938 fue cerrada nuevamente, alegando su deterioro, y se convirtió en un archivo del NKVD, lo que posiblemente la salvó de la destrucción.

En 1944, durante la Gran Guerra Patria, la iglesia volvió a estar en funcionamiento. En 1946 fue reparada, se renovaron los frescos y se enlucieron las paredes. En 1960, la iglesia recibió el estatus de monumento arquitectónico de importancia federal.

En los años de posguerra, la iglesia fue restaurada por toda la comunidad. En las décadas de 1970 y 1980, volvió a ganar popularidad. En 1991 se formó la diócesis de Saransk y Mordovia, y la iglesia se convirtió en catedral hasta la construcción de una nueva catedral en honor a Teodoro Ushakov.

En 2002, se construyó en el terreno de la parroquia un centro de educación espiritual con una iglesia de bautismo, consagrada en 2003. El altar principal de la iglesia está dedicado a San Juan Bautista, el derecho, a la Anunciación de la Santísima Virgen María, y el izquierdo, a San Nicolás el Milagroso. En la iglesia se guarda una venerada copia de la icono de la Virgen de Vladimir del siglo XVI.