L'église de Jean-Baptiste est considérée comme un important sanctuaire historique de la capitale de la Mordovie. C'est l'un des plus anciens monuments de Saransk et de toute la république, une rare perle de la région. L'histoire du temple du grand évangéliste a probablement commencé au début du XVIIe siècle. Le bâtiment moderne date de 1700, bien que certaines sources indiquent 1693. L'église est située au centre de Saransk, qui était à l'origine une forteresse à la frontière, protégeant contre les incursions de la Horde Nogai et des Criméens.

Les archives historiques témoignent que le baptême des Mordves a commencé au XVIe siècle et s'est achevé au milieu du siècle suivant grâce aux églises orthodoxes locales. Saransk a été construit à proximité de colonies déjà existantes, comme Ivanovskoye, où la première église en l'honneur de Jean-Baptiste a été construite en 1600. Cette église en bois est restée en activité plus de cent ans après la construction d'un nouveau temple en pierre, qui a également été consacré au nom de Jean-Baptiste. En 1824, elle a été démontée et transportée au village de Makolovo.

Les dates exactes de construction de nombreux temples russes se perdent souvent, mais on peut juger avec certitude de la période de construction de l'église de Jean-Baptiste. En 1873, lors du retrait du voile de l'autel, un antimins daté de 1600 a été découvert. Lorsque le moment est venu de construire le bâtiment en pierre, des artisans ont été invités de Moscou ou de Nijni Novgorod. Le nouveau temple a été érigé dans le style baroque moscovite, connu sous le nom de Narychkine, populaire en Russie depuis la fin du XVIIe siècle.

En 1711, une cloche et une salle à manger ont été ajoutées au temple, suivies de deux chapelles. Le temple a survécu aux incendies de 1817, 1852 et 1869, qui ont détruit la majeure partie du Saransk en bois. Avant la révolution de 1917, des terres agricoles et des forêts étaient attachées au temple. Le personnel se composait de deux prêtres, d'un diacre et de deux psalmistes.

Après la Révolution d'Octobre, un pillage massif des églises a commencé. L'église de Jean-Baptiste à Saransk a miraculeusement survécu. Dans les années 1930, elle a été fermée, invoquant une baisse de la fréquentation. Cependant, le bâtiment est resté vide, et bientôt le temple a été restitué aux croyants. En 1938, il a de nouveau été fermé, invoquant sa vétusté, et un archive du NKVD y a été installée, ce qui a peut-être sauvé le bâtiment de la destruction.

En 1944, pendant la Grande Guerre patriotique, le temple est redevenu actif. En 1946, il a été rénové, les fresques ont été restaurées et les murs ont été crépis. En 1960, le temple a reçu le statut de monument d'architecture d'importance fédérale.

Dans les années d'après-guerre, le temple a été restauré par la communauté. Dans les années 1970-1980, il a de nouveau gagné en popularité. En 1991, l'éparchie de Saransk et de Mordovie a été créée, et le temple est devenu la cathédrale jusqu'à la construction d'une nouvelle cathédrale au nom de Théodore Ouchakov.

En 2002, un centre spirituel et éducatif a été construit sur le territoire de la paroisse avec une église de baptême, consacrée en 2003. L'autel principal du temple est dédié à Jean-Baptiste, le droit, à l'Annonciation de la Sainte Vierge, et le gauche, à saint Nicolas le Thaumaturge. Le temple abrite une vénérable copie de l'icône de la Mère de Dieu de Vladimir du XVIe siècle.