В первой половине XVIII века архангельский губернатор Иван Петрович Измайлов обратился к архиепископу Варнаве с предложением: «Рассмотрите возможность захоронения умерших за пределами города…». В результате в Архангельске был принят указ, запрещающий погребение в городской черте, чтобы предотвратить эпидемии и избежать «чумных бунтов».

Преображенская церковь на первом загородном кладбище простояла недолго. После того как она сгорела в 1806 году из-за удара молнии, на её месте был построен храм в честь святых Пророков Божиих Илии и Елисея. Средства на строительство выделил известный архангельский купец первой гильдии Яков Петрович Никонов, который оставил значительный след в истории поморской столицы благодаря множеству добрых дел.

Согласно летописи, Никонов, родившийся в духовной семье и работавший иконописцем, помогал родителям, а после их смерти, будучи ещё молодым и имея ограниченные средства, заботился о своих братьях и сёстрах. Свой первоначальный капитал он заработал на оптовой торговле зерном. Впоследствии в Архангельске Никонов приобрёл дом у советника Александра Зубкова, пивоваренный завод и лесопильную мельницу в Великоустюжском уезде. Благодаря своей благочестивой жизни он стал почётным гражданином города и трижды занимал пост городского головы Архангельска. В 1814 году Яков Петрович представлял архангельское городское сообщество в Петербурге на праздновании Сретения Господня у императора Александра I.

Будучи успешным предпринимателем и благотворителем, Никонов из собственных средств оплачивал жалованье городскому писарю. Он был похоронен в 1819 году на Ильинском кладбище у входа в церковь, которую сам построил.

К тому времени рядом с ней уже стоял Преображенский храм с колокольней, в основании которой находилась богадельня. Звонница сохранилась до наших дней и теперь используется как учебная колокольня для начинающих звонарей.

В двадцатых годах, когда кафедральный Свято-Троицкий собор города заняли раскольники-обновленцы, Преображенская церковь получила статус главного собора. Однако в тридцатые годы оба прихода были закрыты, а Преображенскую церковь разобрали на кирпичи.

Во время Великой Отечественной войны, в период кратковременного улучшения отношений властей с церковью, уцелевший Ильинский храм был возвращён архангельской епархии. В 1944 году ему был присвоен статус Кафедрального собора, который сохраняется и по сей день.