In der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts wandte sich der Gouverneur von Archangelsk, Ivan Petrovich Ismailov, mit einem Vorschlag an den Erzbischof Varvara: „Prüfen Sie die Möglichkeit, die Verstorbenen außerhalb der Stadt zu bestatten…“. Infolgedessen wurde in Archangelsk ein Erlass erlassen, der die Beerdigung innerhalb der Stadtgrenzen verbot, um Epidemien vorzubeugen und „Pestaufstände“ zu vermeiden.

Die Verklärungskirche auf dem ersten Landfriedhof stand nicht lange. Nachdem sie 1806 durch einen Blitzeinschlag verbrannt war, wurde an ihrer Stelle ein Tempel zu Ehren der heiligen Propheten Gottes Elias und Elisa gebaut. Die Mittel für den Bau stellte der bekannte Archangelsker Kaufmann der ersten Gilde, Jakov Petrovich Nikonov, zur Verfügung, der durch viele gute Taten einen bedeutenden Einfluss auf die Geschichte der pomorischen Hauptstadt hinterließ.

Laut Chronik half Nikonov, der in eine geistliche Familie geboren wurde und als Ikonenmaler arbeitete, seinen Eltern und kümmerte sich nach deren Tod, obwohl er noch jung war und begrenzte Mittel hatte, um seine Brüder und Schwestern. Sein ursprüngliches Kapital verdiente er im Großhandel mit Getreide. Später erwarb Nikonov in Archangelsk ein Haus von dem Ratsherrn Alexander Zubkov, eine Brauerei und eine Sägewerk im Bezirk Velikoustyug. Durch sein frommes Leben wurde er Ehrenbürger der Stadt und bekleidete dreimal das Amt des Bürgermeisters von Archangelsk. 1814 vertrat Jakov Petrovich die archangelsche Stadtgemeinschaft in St. Petersburg bei der Feier des Festes der Darstellung des Herrn beim Kaiser Alexander I.

Als erfolgreicher Unternehmer und Wohltäter zahlte Nikonov aus eigenen Mitteln das Gehalt des Stadtsekretärs. Er wurde 1819 auf dem Iljinsker Friedhof am Eingang zur Kirche beigesetzt, die er selbst gebaut hatte.

Zu diesem Zeitpunkt stand bereits die Verklärungskirche mit einem Glockenturm daneben, in dessen Fundament sich ein Waisenhaus befand. Der Glockenturm ist bis heute erhalten und wird jetzt als Lehrglockenturm für angehende Glockenläuten verwendet.

In den zwanziger Jahren, als die reformierten Schismatiker die Kathedrale der Heiligen Dreifaltigkeit der Stadt besetzten, erhielt die Verklärungskirche den Status der Hauptkathedrale. In den dreißiger Jahren wurden jedoch beide Gemeinden geschlossen, und die Verklärungskirche wurde in Ziegel zerlegt.

Während des Großen Vaterländischen Krieges, in einer Phase vorübergehender Verbesserungen der Beziehungen zwischen den Behörden und der Kirche, wurde die erhaltene Iljinskikirche der Erzbischofschaft Archangelsk zurückgegeben. 1944 erhielt sie den Status einer Kathedrale, der bis heute erhalten bleibt.