En la primera mitad del siglo XVIII, el gobernador de Arkhangelsk, Iván Petrovich Izmaylov, se dirigió al arzobispo Varvara con una propuesta: "Considere la posibilidad de enterrar a los fallecidos fuera de la ciudad...". Como resultado, se adoptó un decreto en Arkhangelsk que prohibía el entierro dentro de los límites de la ciudad para prevenir epidemias y evitar "motines de peste".

La iglesia de la Transfiguración en el primer cementerio suburbano no duró mucho. Después de que se incendiara en 1806 debido a un rayo, se construyó en su lugar un templo en honor a los santos profetas de Dios, Elías y Eliseo. Los fondos para la construcción fueron proporcionados por el conocido comerciante de primera guilda de Arkhangelsk, Yákov Petrovich Nikónov, quien dejó una huella significativa en la historia de la capital pomoriana gracias a numerosas obras de caridad.

Según la crónica, Nikónov, nacido en una familia religiosa y que trabajaba como iconógrafo, ayudaba a sus padres, y tras su muerte, siendo aún joven y con recursos limitados, se ocupó de sus hermanos y hermanas. Su capital inicial lo ganó en el comercio mayorista de granos. Posteriormente, en Arkhangelsk, Nikónov compró una casa al consejero Aleksandr Zubkov, una cervecería y un aserradero en el distrito de Velikoustyug. Gracias a su vida piadosa, se convirtió en ciudadano honorario de la ciudad y ocupó el cargo de alcalde de Arkhangelsk en tres ocasiones. En 1814, Yákov Petrovich representó a la comunidad urbana de Arkhangelsk en San Petersburgo durante la celebración de la Presentación del Señor con el emperador Alejandro I.

Siendo un empresario exitoso y filántropo, Nikónov pagaba el salario del escribano de la ciudad de sus propios fondos. Fue enterrado en 1819 en el cementerio de Ilyinsky, a la entrada de la iglesia que él mismo construyó.

Para entonces, junto a ella ya se erguía el templo de la Transfiguración con un campanario, en cuya base había un asilo. La campanería ha sobrevivido hasta nuestros días y ahora se utiliza como campanario de enseñanza para los campaneros principiantes.

En la década de 1920, cuando los cismáticos renovacionistas ocuparon la catedral de San Trifón de la ciudad, la iglesia de la Transfiguración recibió el estatus de catedral principal. Sin embargo, en la década de 1930, ambas parroquias fueron cerradas y la iglesia de la Transfiguración fue desmantelada ladrillo a ladrillo.

Durante la Gran Guerra Patria, en un período de breve mejora en las relaciones entre las autoridades y la iglesia, el templo de Elías que había sobrevivido fue devuelto a la diócesis de Arkhangelsk. En 1944, se le otorgó el estatus de catedral, que se mantiene hasta el día de hoy.