Au début du XVIIIe siècle, le gouverneur d'Arkhangelsk, Ivan Petrovich Izmaïlov, s'est adressé à l'archevêque Varna avec une proposition : « Envisagez la possibilité d'enterrer les morts en dehors de la ville... ». En conséquence, un décret a été adopté à Arkhangelsk interdisant les enterrements dans les limites de la ville, afin de prévenir les épidémies et d'éviter les « émeutes de la peste ».

L'église de la Transfiguration sur le premier cimetière suburbain n'a pas duré longtemps. Après avoir été détruite par un incendie en 1806 à cause d'un coup de foudre, un temple a été construit à sa place en l'honneur des saints Prophètes de Dieu, Élie et Élisée. Les fonds pour la construction ont été alloués par le célèbre marchand d'Arkhangelsk de la première guilde, Yakov Petrovich Nikонов, qui a laissé une empreinte significative dans l'histoire de la capitale pomore grâce à de nombreuses bonnes actions.

Selon les chroniques, Nikонов, né dans une famille spirituelle et travaillant comme iconographe, aidait ses parents, et après leur mort, étant encore jeune et avec des moyens limités, s'occupait de ses frères et sœurs. Il a gagné son capital initial dans le commerce de gros de céréales. Par la suite, à Arkhangelsk, Nikонов a acheté une maison auprès du conseiller Alexandre Zubkov, une brasserie et un moulin à scie dans le district de Velikoustyug. Grâce à sa vie pieuse, il est devenu citoyen d'honneur de la ville et a occupé trois fois le poste de maire d'Arkhangelsk. En 1814, Yakov Petrovich représentait la communauté urbaine d'Arkhangelsk à Saint-Pétersbourg lors de la célébration de la Rencontre du Seigneur avec l'empereur Alexandre Ier.

En tant qu'entrepreneur prospère et bienfaiteur, Nikонов payait le salaire du secrétaire de la ville de ses propres fonds. Il a été enterré en 1819 au cimetière d'Ilinsky, à l'entrée de l'église qu'il avait lui-même construite.

À ce moment-là, à côté de celle-ci se tenait déjà l'église de la Transfiguration avec un clocher, dont la base abritait une maison de charité. La cloche a survécu jusqu'à nos jours et est maintenant utilisée comme cloche d'apprentissage pour les jeunes sonneurs.

Dans les années vingt, lorsque la cathédrale de la Sainte-Trinité de la ville a été occupée par des schismatiques-rénovateurs, l'église de la Transfiguration a obtenu le statut de cathédrale principale. Cependant, dans les années trente, les deux paroisses ont été fermées, et l'église de la Transfiguration a été démolie pour ses briques.

Pendant la Grande Guerre patriotique, lors d'une brève amélioration des relations entre les autorités et l'église, le temple d'Ilinsky, qui avait survécu, a été restitué à l'évêché d'Arkhangelsk. En 1944, il a été élevé au statut de cathédrale, un statut qui est maintenu à ce jour.