Деревянный храм Богоявления Господня был возведён на месте прежних Проломных ворот посада ещё в XVII веке. В честь него Новая слобода, застраиваемая по Проломной улице, стала называться Богоявленской слободой.

В 1701 году рядом с церковью Богоявления была построена церковь Андрея Первозванного.

В 1731 и 1756 годах, благодаря купцам Ивану Афанасьевичу Михляеву и Сергею Александровичу Чернову, была построена каменная Богоявленская церковь и шатровая колокольня. Известно, что в 1741 году церковь сильно пострадала от пожара, сохранились только стены. Возможно, строительство каменного храма началось после этого инцидента. Завершение строительства датируется 1756 годом, когда к церкви была пристроена трапезная, значительно увеличившая её объём.

Таким образом, в XVIII веке был сформирован архитектурный комплекс Богоявленской церкви, включавший главный храм, зимнюю церковь Андрея Первозванного с северной стороны, двухъярусную колокольню с шатровым завершением у нынешней улицы Островского, дом причта с западной стороны и ещё один дом, выходивший на Большую Проломную улицу, где сейчас стоит памятник Шаляпину.

До революции приход Богоявленской церкви был одним из крупнейших в Казани. Среди прихожан были не только простые горожане, но и аристократы и крупные предприниматели.

К 1917 году комплекс включал три храма: главный холодный храм в честь Богоявления Господня с приделом Святого Стефана, тёплый храм Андрея Первозванного с приделом Святых Мучеников Михаила Черниговского и Фёдора, а также холодный однопрестольный храм, устроенный в 1902 году на втором ярусе новой колокольни в память третьего обретения главы Иоанна Предтечи.

В советское время, с 1920 по 1935 год, Богоявленский храм служил городским кафедральным собором. В 1930-е годы церковь Андрея Первозванного была снесена, и на её месте находился зверинец Казанского зоопарка, пока в 1950-х годах не построили жилой дом Казанского мехового объединения.

После закрытия главного храма его помещения использовались как склад, а в колокольне разместились торговые лавки и оптическая мастерская.

В 1950-х годах Богоявленскую церковь передали под спортивный зал Казанского государственного университета, что привело к значительным изменениям: декор был заштукатурен, а главы разрушены.

В 1960 году колокольня Богоявленского собора получила статус охраняемого памятника архитектуры местного значения. В 1973 году она была отремонтирована.

В 1995 году Богоявленский собор был включён в перечень объектов исторического и культурного наследия федерального значения как памятник градостроительства и архитектуры.

В 1996 и 1997 годах Богоявленский собор был возвращён Русской православной церкви, и с тех пор в нём ежедневно проходят богослужения.

Колокольня осталась под управлением Министерства культуры Татарстана и используется как выставочный зал древнерусского искусства Государственного музея изобразительных искусств Республики Татарстан. В 2001 году в колокольне был открыт камерный Шаляпинский зал.