El templo de madera de la Epifanía del Señor fue construido en el lugar de las antiguas Puertas de Prolom en el asentamiento en el siglo XVII. En honor a ello, la Nueva Sloboda, que se estaba construyendo en la calle Prolomnaya, pasó a llamarse Sloboda de la Epifanía.

En 1701, cerca de la iglesia de la Epifanía se construyó la iglesia de Andrés el Apóstol.

En 1731 y 1756, gracias a los comerciantes Iván Afanasievich Mikhlayev y Serguéi Alexandrovich Chernov, se construyó la iglesia de piedra de la Epifanía y un campanario con cúpula. Se sabe que en 1741 la iglesia sufrió graves daños por un incendio, quedando solo las paredes. Es posible que la construcción del templo de piedra comenzara después de este incidente. La finalización de la construcción se data en 1756, cuando se añadió un refectorio a la iglesia, aumentando significativamente su volumen.

Así, en el siglo XVIII se formó el complejo arquitectónico de la iglesia de la Epifanía, que incluía el templo principal, la iglesia de invierno de Andrés el Apóstol al norte, un campanario de dos niveles con una cúpula en la actual calle Ostrovsky, la casa del clero al oeste y otra casa que daba a la calle Bolshaya Prolomnaya, donde ahora se encuentra el monumento a Chaliapin.

Antes de la revolución, la parroquia de la iglesia de la Epifanía era una de las más grandes de Kazán. Entre los feligreses había no solo ciudadanos comunes, sino también aristócratas y grandes empresarios.

Para 1917, el complejo incluía tres templos: el templo principal frío en honor a la Epifanía del Señor con una capilla dedicada a San Esteban, el templo cálido de Andrés el Apóstol con una capilla dedicada a los Santos Mártires Miguel de Chernígov y Fiódor, así como un templo frío de un solo altar, establecido en 1902 en el segundo nivel del nuevo campanario en memoria del tercer hallazgo de la cabeza de Juan el Bautista.

En la época soviética, de 1920 a 1935, la iglesia de la Epifanía sirvió como catedral de la ciudad. En la década de 1930, la iglesia de Andrés el Apóstol fue demolida, y en su lugar se encontraba el zoológico de Kazán, hasta que en la década de 1950 se construyó un edificio residencial de la asociación de pieles de Kazán.

Después del cierre del templo principal, sus instalaciones se utilizaron como almacén, y en el campanario se instalaron tiendas y un taller óptico.

En la década de 1950, la iglesia de la Epifanía fue convertida en un gimnasio de la Universidad Estatal de Kazán, lo que llevó a cambios significativos: la decoración fue enyesada y las cúpulas destruidas.

En 1960, el campanario de la catedral de la Epifanía recibió el estatus de monumento arquitectónico protegido de importancia local. En 1973 fue restaurado.

En 1995, la catedral de la Epifanía fue incluida en la lista de objetos de patrimonio histórico y cultural de importancia federal como monumento de urbanismo y arquitectura.

En 1996 y 1997, la catedral de la Epifanía fue devuelta a la Iglesia Ortodoxa Rusa, y desde entonces se celebran servicios religiosos diariamente.

El campanario permaneció bajo la administración del Ministerio de Cultura de Tatarstán y se utiliza como sala de exposiciones de arte antiguo ruso del Museo Estatal de Bellas Artes de la República de Tatarstán. En 2001 se inauguró en el campanario la sala de cámara Chaliapin.